Поверхностные водные ресурсы Ейского района представлены немногочисленными реками, озерами и лиманами. Протекает река Ясени. Озер в районе значительно больше, наиболее крупные Ханское, Дробшево, Лебединое и др.

Здесь находятся три уникальных песчаных косы - Ейская, Долгая, Камышеватская. Коса Долгая является ландшафтным памятником природы Краснодарского края. Отличается уникальными ракушечными пляжами, глубоким морем, пресноводными озерами, богатым животным и растительным миром.

Ейский лиман — второй по площади лагунный водоём у Азовского побережья Краснодарского края. Несмотря на обособленность, он имеет существенное значение в гидрологическом балансе Азовского моря и формировании его биологической продуктивности, в частности, как место нагула молодняка осетровых рыб. Велико значение угодья как курортологического и туристического центра Восточного Приазовья.

В Ейский лиман поступает преимущественно морская хлоридно-натриевая вода, со средней минерализацией 11-12 г/кг и, в меньшем объёме, в период паводков речная вода — гидрокарбонатно-кальциевая со средней минерализацией 0,42 г/кг. Солёность воды в угодье снижается в летний период и повышается зимой до 5-8‰. Средние концентрации биогенных элементов: по фосфору — 71,4 мг/куб.м; азоту — 900-990; кремниевой кислоте — 710-750 мг/куб.м.

Одной из достопримечательностей Ейского района считается озеро Ханское – памятник природы краевого значения. В озере находится месторождение знаменитых сульфидных лечебных грязей. Окружающая Ханское озеро территория относится к зоне отдыха, охоты и спортивного рыболовства.

В районе открыты несколько источников сероводородных, азотно-метановых, хлоридно-натриевых и йодобромных вод, которые используют при лечении заболеваний желудочно-кишечного тракта, кожи, суставов и др.

На территории Ейского района детально разведаны месторождения минеральных лечебных вод (ст. Должанская) и 3 месторождения лечебных иловых сульфидных грязей (о. Ханское, плес Глубокий, Бейсугский лиман).

Черноморской гидрологической экспедицией в 1997-98 г.г. проведена разведка минеральных вод с оценкой их эксплуатационных запасов с целью создания гидроминеральной базы курорта Должанская.

Участок, в пределах которого произведена разведка лечебной йодобромной воды песчаного горизонта понтического яруса, расположен в Ейском районе Краснодарского края на западной окраине станицы Должанской.

Разведанные эксплуатационные запасы рассольной хлоридно-натриевой, йодной, бромной, борной, железистой, содержащей органику воды понтического горизонта на Должанском месторождении, можно применять для отпуска общих ванн, оздоровительного бассейна, орошений, при лечении болезней сердечно-сосудистой, нервной, костно-мышечной систем.

Минеральная вода, выведенная скважиной № 1-П из понтического горизонта, квалифицируется как кондиционная бальнеологическая вода.

В результате разведывательных работ выполнен подсчет эксплуатационных запасов слабых рассолов понтического горизонта в объеме заявленной потребности 50 куб.м в сутки по категории «В», обеспеченные на 50-летний срок разработки месторождения.

Месторождение подготовлено к промышленному освоению по совокупности полученных при разведке результатов и после технологической подготовки водопользователя. Скважина 1-П находится на балансе ООО «Волготрансгаз» (г. Нижний Новгород).