Крупнейшими водными артериями Ачинского района являются река Чулым и ее правый приток река Большой Улуй.

Река Чулым частично протекает по восточной части юга района. Русло реки извилистое, имеет равнинный характер и нередко дробится на рукава. Ширина русла в районе города 150 - 350 м. В строении правого берега выделяются три надпойменные террасы. Наиболее возвышенные участки отроги хребта Арга. Левый берег - пониженная плоская равнина. Поверхность поймы сильно заболочена. Пойма занимает большую часть левобережья шириной 4-5 км. В районе река имеет переходный характер, от горного к равнинному.

Питаются реки в основном за счет атмосферных осадков и грунтовых вод. Река Чулым самый большой приток р. Оби, впадает в неё справа, длина реки 1799 км. Образуется от слияния рек Белого Июса и Чёрного Июса, берущих начало в Кузнецком Ала - Тау.

В настоящее время вода в реке в черте района загрязнена промышленными и хозяйственно-бытовыми стоками.

Все реки относятся к равнинному типу с ярко выраженным весенним половодьем, дождевыми паводками. В период паводка и половодья на р. Чулым устьевые участки этих рек находятся в подпоре.

По данным гидрометеорологической службы годовой сток распределяется следующим образом:
а) весной (апрель - июнь) 82%
б) лето (июль - август) 7%
в) осень (сентябрь - октябрь) 6%
г) зима (ноябрь - март) 5%

На малых реках спад половодья иногда сопровождается дополнительными кратковременными подъемами уровня от дождей на 0,4... 0,5 (реже до 1 метра), продолжительностью 4...5 дней.

Поймы малых рек затопляются лишь при высоких паводках, глубина воды на поймах в это время составляет 0,5... 1,0 метра. Наиболее низкие уровни воды наблюдаются в октябре - ноябре. В зимний период уровни воды малых рек стоят высоко вследствие промерзания на мелких местах и перекатах. Средние даты вскрытия рек с 19 по 27 марта.

Гидрологические условия характеризуются наличием двух типов подземных вод: грунтовых и трещинных. Грунтовые воды имеют широкое распространение на надпойменных террасах и пойме р. Чулым, а трещинные приурочены к нижнемеловым среднеюрским и кембрийским коренным отложениям.

Река Большой Улуй - одна из малых рек края берёт своё начало на Аргинском хребте, недалеко от д. Заворки. Правый приток Чулыма, впадает в него близ деревни Б. Улуй. Течёт в своём среднем течении по таёжной местности, берега сильно заросшие, глубины местами до 3-4 м.

Гидрографическая сеть города Ачинск представлена рекой Чулым, протекающим вдоль его западной стороны 5-ти км участком своего среднего течения и правобережными притоками - реками: Салырка, Ачинка, Тептятка и Мазулька.

Недалеко от г. Ачинска расположена группа озер, являющихся памятниками природы, подлежащими охране озера: Айдашенское, Курбатовское, Канонеровское, Сосновое, которые имеют своеобразный гидрологический режим.

Озера:
1. оз. Ларчино, площадь 20 га (7 км на Ю от д. Ладановка);
2. оз. Курбатовское, площадь 75 га (2 км на Ю от с. Курбатово);
3. оз. Сосновое, площадь 43 га (0,2 км на В от д. Сосновое Озеро);
4. оз. Линево, площадь 20 га (4 км на СЗ от г. Ачинска);
5. оз. Канонерское, площадь 11 га (4 км на СЗ от г. Ачинска);
6. оз. Большое Айдашинское, площадь 360 га (2 км на СЗ от с. Мазульский).

Родники, источники Ачинского района:
Источник (скважина) п. Белый Яр
Источник (скважина) п. Нагорново (Учхоз)
Родник д. Зерцалы
Родник станция Зерцалы