Основной водной артерией района является река Кан, бассейн которой формируется главным правобережным притоком Агулом (с основным левым притоком рекой Кунгус) и маловодными речками левобережья Козыла, Ирбейчик, Большая Уря и др. Площадь бассейна Кана составляет 36,9 тыс. кв. км при общей протяженности реки 629 км.

Кан берет свое начало несколькими истоками на северных склонах хребтов Канскогобелогорья. Агул формируется основными истоками Большим и Малым Агулами на северных склонах Агульских белков. Здесь же расположены крупнейшие в Саянской горной системе озера Агульское и Медвежье, являющиеся неотъемлемой частью агульского бассейна.

Канское белогорье окаймлено полосой сильно расчлененных эрозийных массивов, со склонов которых берут свое начало реки канско-агульского бассейна – Пезо, Тукша, Кирель, Кунгус, Тайба, Ягаш, Мугой, Негота и др.

Верхние участки рек Кан и Агул текут в узких долинах и имеют порожистый бурный характер. Долина Кана в пределах Канской котловины значительно расширяется, скорость течения уменьшается, русло расчленяется на рукава и протоки, образуя острова.

Питание рек смешанное, за две недели до вскрытия начинается подъем уровня воды. Начало весеннего половодья приурочено в среднем к первой-второй декаде мая. В летне-осенний период по рекам проходит несколько дождевых паводков. Осенний ледоход длится в течение 15-20 дней, ледостав обычно наступает в период с 5-15 ноября. Продолжительность ледостава 160-170 дней. Толщина льда колеблется от 23 см в первой декаде ноября до 62 см в конце февраля.

Самые короткие реки Ирбейского района:
Кужо
Большая Уря
Канучул

Родники, источники Ирбейского района:
Святой источник великомученицы Параскевы Пятницы с. Ирбейское