Реки протекающие на территории Гайнского района, сливаясь образуют единый водоток с запада на восток, и развитую речную сеть. Река Кама с притоком р. Весляной и притоком последней — Чёрной образуют основу гидрографической сети района. Среднегодовой сток Камы — до 236, Весляны — до 68 м³/сек. Другие крупные притоки р. Камы — реки Лупья, Леман, значителен Тимшер — приток Южной Кельтмы.

Небольшая часть рек Гайнского района, прилегающего к Республике Коми, относится к бассейну р. Вычегды (Северный Ледовитый океан).

Реки Гайнского района: Алексеевка (приток Весляны), Алым, Асыввож (приток Весляны), Асыввож (приток Воли), Афанасьевка (приток Тимшора), Бадья (приток Весляны), Бадья (приток Воча), Бадья (приток Чёрной), Безымянка (приток Чёрной), Берёзовка (верхний приток Камы), Берёзовка (приток Весляны), Большая Парья, Большая Пома, Большой Куб, Большой Мый, Большой Чабис, Бортом, Будым, Булач (приток Лолога), Верхний Пожег, Верья, Вес (приток Камы), Весляна (приток Камы), Вижайка (приток Лолога), Визяха, Височь, Воим (приток Воча), Войвыв-Лель, Вольва (приток Камы), Воч, Вуктыл (приток Локчима), Вурлам, Гарёвка (приток Весляны), Глубокая (приток Весляны), Гусика, Дедовка (приток Большого Мыя), Дзеля-Алач, Дозовка (приток Весляны), Кальциха, Камчатка (приток Чёрной), Камыш (приток Весляны), Касьян (приток Мыя), Когтя, Копердан, Копья (приток Вурлама), Косвож (приток Вуктыла), Кузель (приток Порыша), Кулькар, Курьявож, Левая Дозовка, Лёль (приток Лемана), Лель (приток Чёрной), Леман (нижний приток Камы), Лепдинъёль, Лиз (приток Камы), Лолог, Ломовка (приток Чёрной), Луным, Лупья (нижний приток Камы), Люмья, Малая Бадья, Малая Парья, Малая Соль, Малый Куб, Малый Мый, Малый Пожег, Малый Чабис, Мутный (приток Чёрной), Мый, Мыс-Лес, Нисть, Ножва, Огъёль, Оныл, Оныл, Парманка, Парок, Пелес (приток Чёрной), Пидгум, Погва, Пожег (приток Весляны), Пуншим, Пый, Рубиха (приток Соли), Ручь, Рытыввож (приток Воли), Рытыввыв-Лель, Светлица (приток Нюмыда), Северка (приток Чёрной), Северная Аньва, Северный Мый, Сёйва, Соль (приток Локчима), Соль (приток Чёрной), Сордва, Сосновка (приток Тимшора), Сосья (приток Цыбина), Сочь (приток Лупьи), Суч, Сылчим, Сым (приток Косы), Сысола (приток Порыша), Тимшор, Тодья, Травянка (приток Весляны), Тугум, Туйкос, Ужань, Утьва, Учатью, Холуй (приток Чёрной), Цыбин, Чёрная (приток Весляны), Чой (приток Лупьи), Чугрум, Чукля, Шугрем, Шугремшор, Ыджид-Вокчер, Ыджыд-Алач, Ыджыдвож (приток Чукли), Ыджыдъёль (приток Воча), Юг (приток Весляны), Юг (приток Тимшора), Южная Аньва, Яга (приток Воча), Язевка (приток Камы).

Много озёр преимущественно пойменных — стариц, среди моренно-ледниковых выделяется озеро Адово на юго-западе района с площадью 3,6 км², Малое Адово, озеро Нахты и др.

Общая выравненность и слабый дренаж в условиях низкой испаряемости обусловили сильную заболоченность территории (6%). Крупнейшее Большое Камское болото на востоке района имеет запасы торфа 320 млн. тонн - 2/3 ресурсов округа.

Родники, источники Гайнского района:
Родники, источники живой и мертвой воды в урочище Пернаяг