Основные реки Яковлевского района Арсеньевка, Тихая, Пятигорка и др. По северной границе района протекает река Уссури. Эти реки имеют широкие долины, обрамлённые горными хребтами.

Озеро Болсуновское утверждено водным памятником природы и охраняется с 1982 г. Является местом произрастания лотоса. Расположено в 6 км к северо-востоку от с. Яковлевка.

Озеро Большое утверждено водным памятником природы и охраняется с 1982 г. как место произрастания лотоса. Расположено в 4 км от с. Яковлевка. Лотос Комарова является реликтовым растением, сохранившимся в немногочисленных озерах Приморского края. Экзотичность и живописность растений, возможность использовать семена лотоса в пищу привело к сокращению мест его произрастания. Поэтому лотос сохранился преимущественно в удаленных труднодоступных местах, где озера располагаются на заболоченнгой равнине. Для произрастания лотоса требуется определенный водный режим слабопроточного типа, который имеют многие озера на пойме и низкой террасе Арсеньевки и Уссури, что обуславливает потенциальную возможность искусственного разведения лотоса.

Озеро Штаны утверждено водным памятником природы и охраняется с 1983 г. Названо так за форму озера. Место произрастания лотоса. Расположено в 6 км к северо-востоку от с. Яковлевка.

Родники, источники Яковлевского района:
Минеральный источник «Нарзан» у с. Минеральное

Осуществляется бутылочный разлив минеральной воды «Покровская».