Крупными водными объектами Ханкайского района являются озеро Ханка и река Комиссаровка. Реки Ханкайского района относятся к бассейну реки Уссури, так как озеро Ханка, куда все они впадают, соединено с рекой Уссури вытекающей из озера рекой Сунгач.

Реки имеют в основном дождевое питание, поскольку снежный покров невелик. Зимой, когда почва сильно промерзает и снега мало, подземное и поверхностное питание рек прекращается полностью. Во время летних паводков уровень воды в реках поднимается, заливаются пойма и долины.

Наиболее крупные реки района: Комиссаровка (длина 78 км), Большие Усачи (46 км) и Мельгуновка (31 км).

Реки района не имеют транспортного значения из-за мелководности. Используются для орошения сельскохозяйственных угодий, являются зоной отдыха населения.

Широкая долина реки Комиссаровки и ее притоков захватывает центральную часть района, здесь наблюдаются надпойменные террасы. Они тянутся узкими лентами вдоль русла реки, где поверхность заболочена, покрыта кочками. На территории района представлена разветвленная сеть оврагов и балок.

Основным водным объектом является озеро Ханка, самое крупное не только в Ханкайском районе, но и в Приморском крае. Оно расположено на высоте 59 метров над уровнем моря. Озеро принадлежит к числу реликтовых. Водное зеркало озера занимает площадь 4190 км. Длина озера до 85 км, ширина от 40 до 60 км, максимальная глубина 8-10 м.

В озеро впадает около 20 больших и малых рек (Грязнуха, Комиссаровка, Ключи, Мельгуновка, Усачи и др.), а вытекает одна – Сунгач, по которой проходит государственная граница с Китайской Народной Республикой.

Вода в озере пресная, но мутная, светло-желтого цвета, потому что озеро мелкое, дно глинистое и илистое. Озеро Ханка является остатком древнего озера, которое много миллионов лет назад было в 2-3 раза больше.

Источником водоснабжения для хозяйственно-питьевых нужд населения служат подземные воды добываемые через скважины.

Родники, источники Ханкайского района:
Родник «Дворянковский» у с. Дворянка, памятник природы регионального значения