Шкотовский район обладает густой речной сетью, длина рек на один квадратный километр — от 0,7 до 0,9 км. Почти вся территория района расположенная в бассейнах четырёх рек — Артёмовки, Шкотовки, Суходола и Петровки (в порядке уменьшения площади водосборного бассейна), которые впадают в две бухты Уссурийского залива — Муравьиную и Суходол.
Питание у рек преимущественно дождевое, поэтому наблюдается неравномерный сток в разное время года. Модуль стока — 7,9-10 л/сек·км², средняя мутность воды в реках — 80 г/м³.
Район находится на последнем месте в Приморском крае по показателю среднегодовой водообеспеченности населения района (1,15 тыс. м³/чел.). Общий годовой сток — 0,966 км³/год.
В районе расположены три водохранилища — Артёмовское (объём 118,2 млн м³; обеспечивает пресной водой Владивосток), Петровское (объём 6,6 млн м³; обеспечивает Большой Камень) и Кучелиновское (объём 5,39 млн м³; обеспечивает Артёмовскую ГРЭС).