Территория района имеет густую речную сеть, полностью принадлежащую бассейну река Витим, который, в свою очередь, является правым притоком река Лены.

Витим самая крупная река Баунтовского эвенкийского района, общей протяженностью в 1887 километров. Началом его является место слияния двух рек Витимкан и Чины.

По гидроэнергетическим ресурсам река Витим одна из крупнейших в стране. Среднегодовой расход воды у села Романовки 80 кубических метров в секунду, у города Бодайбо он увеличивается до 1500 кубических метров в секунду. Несмотря на большой объем протекающей в реке воды судоходство очень затруднено, из - за наличия опасных порогов.

Ципа - вторая по величине река нашего района, протяженностью в 692 километров, является левым притоком река Витим.

Из более четырехсот рек и ключей также выделяются размерами:

-река Амалат впадающая в р.Ципа;
- приток Витима - Киджимит;
- и несущий свои воды в озеро Баунт - р.Ципикан.

Реки имеют преимущественно дождевое питание - 80 %, с незначительным количеством поступления грунтовых и талых вод. Перепад уровня воды в летний период в крупных реках достигает 8-10 метров. Зимой многие реки перемерзают до дна, и тогда напором грунтовых вод трескается лед, и образуются наледи.

На территории Баунтовского района находится огромное количество озер, главным образом, к Баунтовской котловине. Особо выделяются значительными площадями такие озера, как Баунт, Большие и Малые Капилюши, Бусани
Крупнейшее из них Баунт вытянуто на 17,5 км., и ширина его достигает6,4 км., а площадь зеркала 111 кв.км., наибольшая глубина 33 метра. Богат район и минеральными источниками, которые подразделяются на углекислые и сероводородные. Некоторые из них, как, например Горячий Ключ на Баунте, используются местным населением в качестве лечебных.

Углекислые источники приурочены к древним геологическим породам и сосредоточены на Витимском плоскогорье. К ним относятся источники, находящиеся по ключам: Ауглей, который впадает в р.М-Амалат, Ендода - впадающий в р.Усой, Турхай - приток Витима, Щербахта- впадающая в р.Витим, Аршан - приток р.Ашагли, и на р.Чина.

Сероводородные горячие источники связаны с областью молодых геологических образований и находятся в северной части района. Это упомянутый уже Горячий Ключ на оз.Баунт, а также источники на оз.Бусани, на кл. Францевский впадающий в р.Монгой, на р.Нира (р.Горячая), текущей в р.Н.Ципа.