Водные ресурсы Тункинского района относятся к бассейну реки Ангары и озера Байкал. Главная водная артерия река Иркут берет начало от слияния двух рек-Белого Иркута, стекающего с горного массива Мунку-Сардык, и Черного Иркута, истоком которого служит озера Ильчир в Тункинских гольцах на высоте 2000 метров. Наиболее значительными притоками реки Иркут являются реки Ехэ-Угун, Енгарга, Харагун, Большой и Малый Зангисан, Зун-Мурин. В местах пересечения хребтов долины рек превращаются в ущелья с отвесными склонами. Реки изобилуют перекатами и порогами, на некоторых встречаются небольшие водопады. Скорости течения различны, а в горных потоках они, как правило достигают 3-4 метров в сек.

Территория района богата озерами. В живописных ледниково-мореных ландшафтах расположены озера Нуркутул. Озера окружены лесом и богаты рыбой. В северо-западной части национального парка находится Койморская озерно-болотная система. Озера богаты рыбой, водоплавающей птицей, пригодны для разведения ондатры.

Река Кынгерга берет начало с южных склонов Тункинских гольцов на высоте 2960 метров. Скорость течения в верховье 1,5 метров в сек. Имеется три водопада, которые привлекают многочисленных туристов. Тропа к первому водопаду уложена деревянными настилами, которые в настоящее время, к сожалению, устарели.

Река Иркут - длина реки 448 километров, площадь 15000 квадратных километров. Самая высокая температура воды приходится на июль 15 градусов. Вода реки пригодна для питья при условии обеззараживания. Река может быть использована для водного туризма различной категории сложности. В реке обитает 18 видов рыб, входящих в состав 9 семейств - таймень, щука, хариус, и так далее.

Река Ехе-Угун берет начало на высоте 2400 метров в Тункинских гольцах. Скорость течения - 1,2 метров в секунду .В районе курорта Нилова-Пустынь на протяжении 2 километров течет в горном ущелье. Этот участок привлекает туристов для сплава в Иркут.

Озера: Койморские, Нуркутульские, Енгаргинские

Койморская озерно-болотная низина связана участком современного опускания земной коры и состоит из сложной цепи озер и болот, соединенных протоками. Площадь озер составляет 4,60 кв.км. Озера богаты рыбой, водоплавающей птицей, пригодны для разведения ондатры.

Озера Нуркутул расположены в живописнейших ледниково-моренных ландшафтах. Крупнейшее из озер имеет площадь 2,5 кв.км. Озера находятся на высоте 1050 м, богаты рыбой. Представляют научный и рекреационный интерес.