Гидрографическая сеть Апанасенковского района относится к бассейну Каспийского моря и развита слабо. Она представлена наиболее крупными реками Маныч и Калаус.

Река Маныч течет с востока на запад в северной части Апанасенковья на границе Ставропольского края и Республики Калмыкия. Представляет собой остаточную речную протоку между озером Маныч-Гудило и Чограйским водохранилищем.

Маныч (Западный Маныч) — река Ставропольском крае, в Калмыкии, и Ростовской области, левый приток Дона. Берёт начало в месте бывшей бифуркации реки Калаус на Маныч и Восточный Маныч. Один из вариантов географической границы между Европой и Азией проходит по руслу реки.

Длина — 420 км, условная площадь водосборного бассейна — 35,4 тыс. км², из них 2,1 тыс. км² занято озёрами, в основном солоноватыми и солёными. Длина Маныча с Калаусом 856 км, площадь водосборного бассейна — 48,45 тыс. км².

Питание снеговое. Минерализация воды — 2-8 г/л. Через Невинномысский канал и левый приток Большой Егорлык в Маныч поступают воды реки Кубань. Воды реки широко используются для орошения и рыболовства. Судоходство на 179 км от устья.

Название происходит от тат. маныч — «горький».

По древней русской географии р. Маныч называлась Манача. По „Книге глаголемой большой чертеж”, составленной в ХVІ в. сказано: „А река Манача вытекла от Хвалимского (вернее, Хвалисского — Каспийского) моря... протоку Маначи 520 верст”. Рассматривая в настоящее время эту своеобразную и удивительную в своем роде реку, ученые исследователи приходят к заключению, что это когда-то был пролив между морями Каспийским и Азовским.

Река Маныч впадает в Дон у ст. Манычской. Долина этой или берега бывшего морского пролива еще и теперь довольно ясно заметны; местами они обрывисты и достигают до 20-30 саженей высоты, в особенности северные. Ширина долины и западной части, от займища ст. Багаевской до ст. Ольгинской, около 40 в., восточная же оконечность ее, выше г. Ставрополя, до 150 в.

Кумо-Манычская впадина, расположенная между высоким правобережьем Волги и возвышенностью Ергени на севере и Ставропольской возвышенностью на юге, является древним проливом соединявшим в геологическом прошлом Чёрное и Каспийского моря. Длина древнего Манычского пролива составляла почти 500 км. Связь между морями через Манычский пролив то восстанавливалась, то прекращалась, вследствие чего современный рельеф водоёмов Маныча очень сложный — множество болот, лиманов, островов и протоков.

Маныч состоит из озёр, лиманов, рек и акваторий водохранилищ в пределах Кумо-Манычской впадины:
- озёра Маныча Маныч-Гудило − 344 км2; Малый Маныч — 78,8 км2; Маныч — 10,7 км2
- реки Западный Маныч (течет на запад; левый приток Дона, вытекает из оз. Маныч-Гудило); Восточный Маныч (течет на восток, и оканчивается в Состинских озёрах
- водохранилища на р. Западный Маныч Веселовское водохранилище; Усть-Манычское водохранилище; Пролетарское водохранилище
- лиманы Шахаевский лиман; Западенский лиман

Притоки Маныча - левые р. Калаус; р. Джалга; р. Большой Егорлык; р. Средний Егорлык; р. Юла (река); правые - р. Кираста; р. Подпольная;

Химический состав воды изменяется от гидрокарбонатно-сульфатно-кальциевого и сульфатно-натриевого на западе до хлоридно-натриевого на востоке. Минерализация воды возрастает с запада на восток, достигая максимальных величин (17-30 г/л) в центральной части Восточного Маныча. Высокая минерализация характерна для всего Маныча, за исключением небольших опреснённых участков, образованных притоком пресных вод. Снижение уровня минерализации Западного Маныча и Восточного Маныча произошло после подачи вод р. Кубань по Невинномысскому каналу и далее по р. Большой Егорлык. Невинномысский канал построен в 1948 году.

Города и крупные поселения на Маныче - ст. Манычская, посёлок Веселый, г. Пролетарск, все Ростовская область.

На берегу Весёловского водохранилища близ посёлка Юловский находится позднепалеолитическая стоянка Юловская, для культурного слоя которой получены радиоуглеродные датировки в интервале от 15 290 до 24 480 лет.

Главный приток Маныча – река Калаус. Русло и пойма заболочены, покрыты зарослями тростника, с сетью мелких проток и озер. Вода в реке в прошлом была засолена, в настоящее время вследствие подпитки из Кумо-Манычского и Дивненского каналов опреснены.

Истоком реки Калаус являются родники на южном склоне г. Брык на высоте 686 м над уровнем моря, пересекает с юга на север Ставропольскую возвышенность. Длина 436 км, площадь бассейна – 9,7 тыс. кв. км. Это четвертая после Кубани, Терека и Кумы река по протяженности в крае. Ширина реки 10–15м, берега сильно изрезаны, пойма слабо выражена.

На территории Апанасенковского района Калаус течет с запада на восток, пересекает центральную часть района, частично обозначает южную границу с Ипатовским районом, заканчивается слепым устьем, не доходя до Восточного Маныча, к которому тянется гидрографически. В результате быстрого таяния снега в горах в весеннее-летний период, а также в результате обильных и продолжительных осадков, происходящих 1 раз в 3-5 лет, возможны половодья и паводки. Питается атмосферными и грунтовыми водами, сбросами оросительных каналов.

Калаус – одна из самых мутных рек в Ставропольском крае: во время паводков в одном кубическом метре содержится до 8 кг взвешенных глинистых частиц. Повышенная минерализация является отличительной особенностью реки. По величине жесткости вода Калауса относится к жесткой и очень жесткой, однако в период половодья вода реки бывает мягкой.

Благодаря системе искусственных водотоков – каналов на территории района сооружены небольшие искусственные водохранилища – пруды, которые используются для разведения рыбы, водоплавающих птиц и водопоя. Крупнейшим искусственным водотоком Апанасенковья является Кумо-Манычский магистральный канал – часть Терско-Кумско-Манычской оросительно-обводнительной системы. Берет начало от Левокумского гидроузла, где смешиваются воды Кумы и Терека, проложен в меридиональном направлении от Кумы до Чограйского водохранилища по Терско-Кумской низменности и Кумо-Манычской впадине. Длина канала – 96 км.

Озера.
Естественный природный водоем на юге России, имеющий важное экономическое и климаторегулирующее значение для Ставрополья и Республики Калмыкия, – озеро Маныч-Гудило. Это крупнейшее в Европейской части России континентальное озеро.

По праву озеро Маныч называют гордостью района. В соответствии постановлением Правительства РФ от 13.09.1994 г. реликтовое озеро вместе с Пролетарским водохранилищем и прилегающей к нему сетью водоемов входит в состав водно-болотных угодий международного значения.

Название "Маныч" произошло от тюркского слова, в переводе означающего "горький". При отражении шума прибоя обрывистыми берегами возникает своеобразный гул, в связи с чем озеро получило у местных жителей название «Гудило».

На сегодняшний день площадь озера так же изменчива (средняя — 344 кв. км.), в период половодья достигает 800 кв. км. Озеро вытянуто с юго-востока на северо-запад. Берега болотистые, зарастающие. Период ледостава - в среднем 2,5 месяцев, замерзает озеро не каждый год.

Вода в озере Маныч-Гудило соленая и от этого обладает уникальными лечебными свойствами. Рапа манычских озер и лиманов содержит соли калия, натрия, соединения хлора. Из-за высокой минерализации вод надводная растительность почти не развита. Многочисленные острова водоема покрыты злаковым разнотравьем. Высока продуктивность зоопланктона и бентоса озера.

Особенность соленого озера Маныч-Гудило это лечебные грязи. Целебная грязь представляет собой плотную массу черного цвета, однородную с мелкими кристаллами соли, со слабым запахом сероводорода, богатую бромом и бором. Кладовые манычских грязей, аналогичные грязям озера Табуканского г. Пятигорска, практически неисчерпаемы.

На границе Апанасенковского и Ипатовского районов, южнее села Белые Копани, расположено Дундинское водохранилище, которое находиться в балке пересыхающей речки Дунды. Его площадь составляет 27 кв. км, длина 6,7 км, протяженность береговой линии 21 км. Высота плотины 30 м. По гребню 5,4 км, ширина 7 м., ширина по подошве 290 м. Абсолютная отметка гребня плотины 93.5 м. Вода в водохранилище поступает из левой ветви Правоегорлыкского канала, используется для орошения сельскохозяйственных земель.