Северо-восточная часть района сильно заболочена (80 %), в то время как в юго-западной части болот сравнительно мало (20 %). По южной границе района проходит граница между твёрдой частью суши и Васюганскими болотами, урочище называется Васюганский материк. Общая площадь болот в районе — 10 039 квадратных километров.



В районе расположены два озера Байкал, которые с известным озером Байкал имеют только общее название. Одноимённые озёра находятся на расстоянии менее 30 километров друг от друга.

Васюганские болота — одни из самых больших болот в мире, расположены в междуречье Оби и Иртыша, на территории Васюганской равнины, находящейся в пределах Томской, Новосибирской и Омской областей.

Площадь болот 53 тыс. км² (для сравнения: площадь Швейцарии — 41 тыс. км²), протяжённость с запада на восток — 573 км, с севера на юг — 320 км, местоположение — от 55°40' до 58°60' с. ш. и от 75°30' до 83°30' в. д.

Васюганские болота возникли около 10 тысяч лет назад и с тех пор постоянно увеличиваются — 75 % их современной площади было заболочено менее 500 лет назад. Болота являются основным источником пресной воды в регионе (запасы воды — 400 км³), здесь расположены около 800 тысяч небольших озёр, множество рек берут начало из болот, в частности: Ава, Бакчар, Большой Юган, Васюган, Демьянка, Икса, Кенга, Нюролька, Малый Тартас, Малый Юган, Омь, Парабель, Парбиг, Тара, Туй, Уй, Чая, Чертала, Чижапка, Чузик, Шегарка, Шиш.

Болота содержат огромные запасы торфа и противодействуют парниковому эффекту, связывая углерод. Разведанные запасы торфа составляют более 1 млрд тонн, средняя глубина залегания — 2,4 м, максимальная — 10 м.



Васюганские болота — дом для многочисленной местной фауны, в том числе редкой. Из редких видов животных на болотах обитают, в частности, северный олень, беркут, орлан-белохвост, скопа, серый сорокопут, сапсан. В значительных количествах имеются белки, лоси, соболя, глухари, белые куропатки, рябчики, тетерева, в меньших количествах норка, выдра, росомаха. Флора также включает в себя редкие и исчезающие виды растений и растительные сообщества. Из дикоросов широко распространены клюква, голубика, морошка.

Сейчас животный и растительный мир болот находится под угрозой в связи с освоением территории при разведке и эксплуатации нефтяных и газовых месторождений. Экологическую опасность также представляют падающие вторые ступени ракет-носителей, стартующих с космодрома «Байконур», которые загрязняют территорию остатками гептила.