Водные ресурсы Могойтуйского района представлены густой сетью крупных и мелких рек (Онон, Судунтуй, Тура, Оленгуй, Иля, Ага), многочисленными озёрами (Ножей), водостоков (Хойто-Аги, Ур-до-Аги) и минеральными целебными источниками. На территории района расположено 15 озер, 7 минеральных источников. Главной речной артерией является р. Онон.

Наибольшее влияние на природное окружение и на растительность оказывают наиболее крупные реки: Онон, Оленгуй, Иля, Ага и другие. Все они относятся к Амурскому бассейну, лишь небольшое количество рек впадает в озера, образуя бессточную область. Например, река Судунтуй впадает в озеро Ножей с западной стороны, в засушливое время пересыхает полностью. Многие реки являются притоками крупных рек Читинской области. Так, правые притоки Ингоды - Оленгуй, Тура. Крупные левые притоки реки Онона - Иля и Ага.

Река Ага берет начало после слияния двух водотоков Хойто-Аги и Ур-до-Аги, протекая по Дульдургинскому (р. Хойто-Ara берет начало в этом районе), Агинскому, Могойтуйскому и Шилкинскому районам, общей длиной 167 км и впадает широким руслом с медленным течением в р.Онон. Количество притоков порядка 27 шт.

Бассейн реки Ага вытянут в северо-восточном направлении, площадь его в устье 8000 м2. На территории бассейна выделяются три зоны: степная, лесостепная, горно-таежная. По условиям водного режима рек бассейн реки Ага относится к дальневосточному типу с резким преобладанием дождевого стока. Русло реки извилистое. Пойма реки двусторонняя, в основном ровная. Ширина реки 10-30 м, притоков 5-10 м. Притоки р. Ага мелкие, многие из них в летнее время года пересыхают, поэтому и сама Ага - река мелководная, глубиной 1,0-2,5 м. В зимнее время образуются наледи. Половодье наступает в летние месяцы после сильных дождей. Русло реки тоже извилистое, местами делится на рукава и протоки. Дно каменистое и песчано-галечниковое. Берега обрывистые, высотой 1-2 м. Пойма реки заросла кустарниками и местами заточена. Летом, во время дождей на реке проходят паводки и наводнения высотой уровня воды 1,5-3,5 м.

По гидрологическому водному режиму рек и особенностям водных объектов западная территория включена в состав Ингода-Среднеононского гидрологического района. Самой крупной рекой округа является река Онон, по которой проходит южная граница округа.

Все реки и ручьи в районе характеризуются каменистыми руслами с большим количеством мелей, перекатов, быстрым и средним течением. В связи с малоснежностью зим и преобладанием в зимний период низких температур мелкие реки, а также неглубокие места промерзают до дна. Основным питанием являются атмосферные осадки и многочисленные ручьи, питаемые ключами. В дождливое время все реки разливаются, выступают из берегов, заливая все пойменные места. В первой половине лета и засушливые годы дебит воды сильно понижается, и они пересыхают. Это хорошо было видно в 1998 году, когда все мелкие реки пересохли, реки Онон, Ага, Иля и другие сильно обмелели. Ширина и глубина их была минимальная. Такие аномальные явления в климатических ритмах хорошо бывают заметны по водности рек. Неравномерное распределение влаги в вегетационньй период неблагоприятно отражается на росте и развитии растений, а также на всем режиме рек и ручьев.

Весенних паводков на реках или совсем не бывает или бывают очень незначительные, т.к. зимы в основном малоснежные. Вскрытие рек происходит почти без подъема воды и небольших ледоходов на Are, Иле, Оленгуе, наиболее мощное на Ононе. На остальных реках ледохода почти не бывает, т.к. лед постепено тает на месте.

Родники Могойтуйского района:
Родник «Дэлюн-Булак» у с. Ара-Булак 51.152917, 115.045944
Родник «Зугаалайн аршаан» у с. Зугалай
Родник п. Могойтуй 51.270098, 114.950644
Родник «Ара-Тала-Булак» у н.п. Разъезд №71 51.072472, 115.244889
Родник «Холболджин-Булак» у с. Цаган-Ола 51.289332 115.572116
Родник «Нарасту-Булак» у с. Цаган-Челутай 51.051944, 115.013333
Боржигантайская родниковая воронка

Булак в переводе с бурятского означает - ключ, источник, родник.

Минеральные источники Могойтуйского района:
1. Зымка-аршан ст. Бурятская 2 км СВ.
2. Шибиша («Шэбэшэ») ст. Бурятская 3 км В.
3. Зугалайский с. Зугалай 14 км С.
4. Курульжинский с. Курульжа 2 км ЮЗ.
5. Хара-Шибирский с. Хара-Шибирь 20 км С.
6. Хаан-Улын аршан с. Цаган-Оль 10 км ЮВ.

Озеро Холбоолжо, целебный природный объект, напоминающее цифру «8» озеро длиной около 4 и шириной 1,5 километра расположено в котловане между трёх гор в 18 километрах к северо-западу от села Боржигантай. Вода озера считается целебной для кожных заболеваний - экземы, лишая, псориаза. Грязевые ванны, особенно ил со дна, омолаживают кожу и укрепляют организм в целом. Прибрежная грязь помогает при заболеваниях суставов. Пиявки приносят пользу больным, нуждающимся в кровопускании. Озеро за свои целебные способности отнесено к памятникам природного наследия. 51.248585, 115.569306