На территории области насчитывается около 1700 рек и ручьёв и более 150 озёр. Самой крупной рекой является Волга, с расположенным на ней Горьковским водохранилищем и притоками Шача, Мера, Елнать. Основная же часть стока относится к бассейну Клязьмы, среди них: Нерль (с притоком Ухтома), Уводь (c притоками Ухтохма и Вязьма), Теза (с притоками Парша и Люлех) и Лух (с притоком Ландех). Основная часть озёр находится в центре и на юге области это Подозёрское, Юрицинское, Гусевское, Серковское в Комсомольском районе, озёра-старицы Ореховое, Долгое и Сорокино в Клязминском заказнике, озёра Шадрино, Ламское, Святое, Поныхарь, Заборье, и самое глубокое в области Клещинское (35 метров) находятся в Южском районе. Значительная часть мелких озёр заболачивается, множество озёр образовалось на выработанных торфяниках. Крупнейшее и наиболее легкодоступное озеро Рубское (площадь зеркала — 2,97 км²) находится Тейковском районе по дороге А113 Кострома—Владимир.

Кроме Горьковского на территории области несколько водохранилищ, среди них Уводьское (дополняемое каналом Волга — Уводь) и Моркушское.

Площади земель под поверхностными водными объектами, включая болота, составили 115,7 тыс. га (5,4 %). Из них под реками, ручьями, озерами, водохранилищами, прудами — 65,0 тыс. га, под болотами — 50,7 тыс. га.