Климатические условия и рельеф нашего края способствуют образованию густой речной сети. По территории района протекают 13 рек и речушек, общей протяженностью 426 км. Почти вся речная сеть относится к бассейну р. Десны, а самыми протяженными реками района являются: Навля и Ревна, которые имеют ряд притоков.

Река Навля берет начало на западе Орловской области, около д. Навля Шаблыкинского района, и протекает преимущественно в южной части Навлинского района. Она прорезает четвертичные и коренные отложения палеогеновой, неогеновой, меловой, а в некоторых местах и верхнего отдела юрской системы, питаясь за счет вод их водоносных горизонтов. Сама река небольшая, ее общая длина 126 км., из которых 74 км. - в пределах района; а площадь ее бассейна равна 2242 км..2 Русло р. Навля - извилистое, ширина которого колеблется от 6 до 15 м., а глубина - от 0,5 до 2 м. Скорость течения реки составляет 0,2 - 0,5 м. / с. Средний многолетний объем стока воды в нижнем течении равен 0,36 км..3 В отдельные годы он колеблется, так как выпадает разное количество атмосферных осадков. Главный источник питания реки грунтовые, талые снеговые воды и атмосферные дождевые осадки. Наивысший уровень воды в реке наблюдается весной, в первой половине апреля, когда тает снег. Второе повышение бывает осенью, в третьей декаде ноября. Замерзание реки чаще всего происходит в первой половине декабря, а вскрытие - в конце второй декады марта. Река Навля имеет широкую, хорошо выраженную пойму, которая на всем своем протяжении отличается значительной заболоченностью и закустарненностью. В конце 70-х гг. здесь была проведена мелиорация, путем осушения заболоченных участков поймы и срезание кустарников, что привело к обмелению реки.

Основными притоками р. Навли являются речки: Юшковка, Калахва, Муравка (Муравельник), Алешня (Алешенка), Лапузня, Крапивня, Гбень (Гобень), Серб, Речица (Понура, Березка), Жидовка, Харпач, Бродец, Шаблыкинка, Водоча, Подлава, Пересопка, Железная и другие. Все они небольшие по размерам, в ширину не превышают 5 м, и в глубину 0,5 - 2 м. Течение у них медленное, русла сильно меандрируют, поймы узкие, отличаются значительной заболоченностью и закустаренностью.

Река Ревна протекает в северной части района, по ней проходит граница с другими районами области. Она берет начало из болота у с. Ружное Карачевского района. Общая длина реки 76 км, ширина от 2 до 6 м, а глубина колеблется в пределах 0,2 - 1,5 м. Скорость течения реки 0,3 - 0,5 м. / с., площадь бассейна - 630 км.2 Среднегодовой расход воды составляет 14,1 м.3 / с. Самыми крупными ее притоками являются речки: Чесновская и Шумок.

Из других естественных водных источников на территории района, встречаются озера, самое крупное из которых - Шумовец, находящееся на правобережье р. Ревны, неподалеку от с. Теплое. Площадь озера составляет 7,8 га, а объем воды 390 тыс. м.3 Некоторые озера уникальны, на их берегах произрастают редкие растения. Озера Шумовец и Бартынь являются памятниками природы. Много озер - стариц встречается в пойме р. Десны, таких как: Боровень, Остера, Тонька, Хвожное, Марково, Жемчи, Глухое, Ляшное, Кругляк, Мальково, Требуж, Званное, Любожа. Есть здесь и пруды, крупные из которых: Козорезов и Халин. Они имеют вид узких вытянутых полос, длиной несколько десятков или сотен метров. Самым крупным из них является озеро Боровень, площадью 4,6 га, с объемом воды 230 тыс. м.3, берега которого заросли кустарниками и болотной растительностью. В местах залегания мела образовались небольшие по площади карстовые озера. На территории района такие озера встречаются на правобережье р. Навли, неподалеку от п. Навля. Форма их круглая или овальная, берега ровные. Их подпитывают грунтовые воды, поэтому вода в них холодная и чистая

В районе имеются и искусственные водоемы - пруды, которые раньше широко использовались для сельскохозяйственных нужд: орошения полей и обеспечения водой ферм. В Кукуевском пруду, где площадь зеркала составляет 60 га, а объем воды 960 тыс. м.3, занимаются разведением рыбы.

Две тыс. га, или 1 % территории района занимают болота, относящиеся к низинному типу и расположенные в поймах рек: Десны, Ревны, Навли, а также части их притоков. На междуречьях, среди массивов леса встречаются верховые и переходные болота, часть из которых осушена, а некоторые взяты под охрану. В Алтуховском лесничестве есть уникальное болото «Рыжуха», где в 1995 г. был организован ландшафтный заказник. В данном болоте сохранились редкие и уникальные виды «ледниковой растительности».

Поверхностные воды играют очень важную роль в водоснабжении населения и промышленных предприятий. Уровень почвенно-грунтовых вод на водоразделах и их склонах находится на глубине 5 - 7 м. В этом можно убедится по уровню воды в колодцах. В пониженных элементах рельефа почвенно-грунтовые воды залегают выше к поверхности на 0,5 - 1 м., а в некоторых местах выходят на поверхность, что и является основной причиной образования болот.

Подземные воды приурочены к Днепровско-Донецкому и Московскому артезианским бассейнам. На территории района выделяют водоносные системы: четвертично-неогеновую, палеоген-мезозойскую и палеозойскую. Воды первой - приурочены к различным типам и горизонтам рыхлых пород. Это преимущественно поровые грунтовые, местами межпластовые воды, иногда обладающие небольшим напором, пресные, гидрокарбонатные кальциевые, которые используются населением из колодцев шахтного типа.

Палеоген - мезозойская водоносная система относится к Днепровско-Донецкому артезианскому бассейну, ее глубина залегания в районе составляет в пределах от 15 до 40 м., с минерализацией вод 0,2 - 0,7 г / л. и прекрасными вкусовыми качествами. Из мергельно-меловых пород вытекают ключи и родники, которые дают начало маленьким ручьям. Водоносные горизонты палеоген - мезозойской системы являются одними из основных источников водоснабжения, поэтому активно используются населением.

Палеозойская водоносная система относится к Московскому артезианскому бассейну. Подземные воды приурочены в основном к карбонатным породам (доломитам и известнякам). Воды здесь пластовые трещинные, трещинно-карстовые, реже поровые, преимущественно напорные, с глубиной их минерализация повышается и изменяется химический состав.

В основном используются пресные воды, приуроченные к отложениям верхнедевонского отдела, горизонт которых залегает на глубине 60 - 120 м, а иногда и до 180 м., с мощностью в пределах 40 - 120 м. Эти воды по составу гидрокарбонатные кальциевые, магниево-кальциевые, натриево-кальциевые с минерализацией 0,2 до 0,8 г / л.

В поселке Теплое есть два родника диаметром 10 м с чистейшей ключевой водой с повышенным содержанием серебра.

В целом Навлинский район хорошо обеспечен водными ресурсами.