Все реки Боготольского района относятся к равнинному типу с ярко выраженным весенним половодьем, дождевыми паводками. Питаются реки в основном за счет атмосферных осадков и грунтовых вод.

Весной подъем уровня воды от притока талых вод начинается еще до вскрытия. Летний уровень устанавливается в конце половодья, обычно в мае, и продолжается до начала осеннего ледостава рек. В летне-осенний период обычно наблюдается от двух до пяти дождевых паводков, которые в августе и сентябре превышают высоту весеннего уровня.

В целом обводненность района вполне удовлетворительная и дополнительных затрат, связанных с освоением отобранных земельных участков, не требуется.

Крупнейшей водной магистралью района является река Чулым. Река Чулым – правый приток реки Оби, образуется от слияния Чёрного и Белого Июсов. Они берут начало в горах Кузнецкого Алатау и, сливаясь около деревни Сютик (недалеко от железнодорожной станции Копьёво), образуют Чулым. Длина реки 1733 км. Русло реки извилистое, имеет равнинный характер и нередко дробится на рукава. Ширина русла в районе село Александровка 150 - 350 м. В строении правого берега выделяются три надпойменные террасы. Наиболее возвышенные участки отроги хребта Арга. Левый берег - пониженная плоская равнина. Поверхность поймы сильно заболочена. Пойма занимает большую часть левобережья шириной 4-5 км.

Река Чулым всегда имела большое значение для человека. На юге края она протекает по степи и лесостепи с плодородными чёрнозёмами, а на севере – по подтайге.

Долина реки Чулым имеет ширину около 2,5 - 4 км., вблизи с. Боготол достигает 5 км., левый берег крутой, обрывистый, правый - пологий. Ширина реки 200 - 250 м., скорость течения 1 м/сек. Пойма реки сильно заболочена. Средние сроки вскрытия 23 апреля и ледостава 4 ноября.

Река Чулым имеет многочисленные, в основном, мелкие притоки: Косуль, Кирюшки, Улуй, Мусхино, Глинка, Аржакова, Грязновка и другие мелкие речки и ручьи. В период паводка и половодья на р. Чулым устьевые участки этих рек находятся в подпоре.

Для всех рек, кроме реки Чулым, является характерным невысокое весеннее половодье, продолжающееся не более месяца. Высота подъема уровня за время половодья составляет 2,4-4 м, иногда до 5 м.

В районе села Боготол река имеет переходный характер, от горного к равнинному. В настоящее время вода в реке в черте села Боготола загрязнена промышленными и хозяйственно - бытовыми стоками.

В Боготоле практически, на каждой улице есть свой ключ. Через Боготол протекает четыре реки.

Самая длинная и полноводная из них – это Четь. Она берет свое начало в черте города, в северо-западном районе, где располагается нефтебаза, где ранее находились леспромхозы. Задевая город по краю, Четь уходит на Север, собирая по пути многочисленные ручьи, и впадает в Чулым. В низовьях она становится настолько полноводной, что по ней можно плыть на моторной лодке. В этой реке водится мелкая рыба: гольян, пескарь.

Вторая по величине река – Улуйка. Начинается в Иркутском болоте и уходит на северо-восток, также впадая в Чулым. Иркутское болото (называется так из-за близости к улице Иркутской) – самое крупное болото в черте города, а их в Боготоле немало. Образовалось оно из-за стоков: в топком логе скапливалась вода, сливаемая с территории железной дороги. Это болото пронизывают многочисленные ручьи, некоторые из них не замерзают даже зимой. Заросшее тальником, это место регулярно дает пристанище диким уткам, которые летом выводят там свое потомство, и является постоянным местом обитания целой колонии ондатр. Таким образом, практически в центре одного из районов города пребывает уголок нетронутой дикой природы. Подобные болота, только меньших размеров, имеются и в других местах: в районе школы №5, на улице Енисейской, которая ранее из-за болота, делящего ее пополам, называлась улицей Топкой. Наверное, многим жителям досаждает близость болот. Это постоянная сырость, камыш, то и дело выбивающийся на грядках, и злющие комары. Однако, не стоит недооценивать роль болот для местной экологической системы. Благодаря им, боготольские реки сохраняют свою чистоту. Ведь болото – это своеобразный фильтр для многочисленных ручьев, протекающих через город, и, чего уж греха таить, исправно засоряемых человеком. Собираясь в болотах, проходя сквозь фильтры многочисленных кочек, зарослей, торфа, вода очищается не только от бытового мусора, принесенного ручьем, но и от посторонних примесей, от грязных сливных вод. Пробивая себе путь сквозь заросли и завалы, очищенная вода питает затем ручьи и реки.

Третья по величине боготольская река – это Листвянка. Она берет начало на юго-западной окраине города. Там когда-то располагались скотобойни, в том районе была станция юннатов. Ручей бежит через луг, строго на Юг, пресекает трассу под названием «Белый мост» (это сверток на бывшую деревню Гремячку), и тоже, как и другие боготольские реки, впадает в Чулым.

Четвертая река – это Грязновка (на старых картах она значится как Глинка). Начало берет на юго-востоке от Боготола, за железной дорогой, за бывшим заводом СМИ. Касаясь края города, пробегает на юг, мимо старого кладбища, по заболоченному логу между холмами, впадает в Чулым. Большему числу горожан эта речка известна по ручью, пересекающему улицу им. Кирова. Часто его ошибочно принимают за саму речку. Это не так, хотя название «Грязновка» он вполне оправдывает, поскольку в теплое время года несет с собой довольно-таки неприятный, затхлый запах. Это происходит из-за того, что в этот ручей сливались отходы с молокозавода. Туда же в свое время сбрасывал грязную воду и промкомбинат, занимавшийся, в числе прочего, и довольно вредным пимокатным производством. К счастью, река Грязновка почти полностью протекает через болота, очищая свои воды от грязи и запаха.

Через Боготол в разных направлениях текут четыре реки: Четь и Улуйка – на Северо-Восток, а Листвянка и Грязновка – на Юг, и все они впадают в Чулым. Чулым протекает с Юга от Боготола, в районе Ачинска поворачивает на Восток, а затем устремляется на Запад, к Оби. Таким образом, Чулым охватывает город с трех сторон, правда на Востоке и, особенно, на Севере он находится на существенном расстоянии.

Город имеет свои водоразделы поэтому реки текут в разных направлениях. На северной стороне такой водораздел пересекает город «по диагонали»: от бывшего хладопункта и пескосушилки, через улицу им. Кузнецова, разделяя пополам улицу Крестьянскую, через улицу Тюхтетскую, мимо старого кладбища на северной стороне города. Есть подобные водоразделы и в других местах. Это могут быть холмы и даже дороги.

В пойме реки Чулым имеется несколько озер, которые являются старицами. Крупнейшие из них озеро Битятское, озеро Источное и озеро Моховое. Озеро Битятское расположено в заказнике Арга. На территории района построены искусственные водоемы с общей площадью зеркала 24 га. Пруды запущены зарослью водной растительности.

Подземные воды обогащены железом выше ПДК, по характеру обводненности, питания, дренирования, циркуляции и приуроченности к определенным толщам характеризуется четырьмя водоносными комплексами: водоносный комплекс четвертичных отложений, водоносный комплекс нижней толщи верхнемеловых отложений, водоносный комплекс песчано-глинистой толщи и водоносный комплекс южных отложений. Глубина залегания грунтовых вод от 5 до 120 м.

Родники, источники Боготольского района:
Боготольский родник у объездной дороги г. Боготол
Святой источник Казанской иконы Божией Матери урочище Боготольский Завод. Боготольский винокуренный завод основан еще при Екатерине I. Здесь еще осталось несколько домиков и возвышается часовня во имя Казанской иконы Божией Матери, восстановленная в 2010 году силами добровольцев. А из-под горы, на которой стоит часовня, вытекает Cвято-Казанский источник.
Родник с. Большая Косуль
Родник «Мельничный» с. Вагино
Святой источник праведного Феодора Томского с. Красный завод