На территории Алтайского района Алтайского края насчитывается 109 рек и ручьев длиной от 2 до 50 км, более 30 прудов. Самые крупные реки – Катунь и Песчаная. Две главные достопримечательностям района – река Катунь и озеро Ая.

Реки Алтайского района:
Айченок
Ая (приток Катуни)
Барашек (приток Куячи)
Бирюкса (приток Каменки)
Большая Кыркыла
Большая Тихая
Большая Щемиловка
Большой Каим
Булухта
Верхний Тоурачек
Евтушка
Казанда
Каим (приток Устюбы)
Каменка (приток Катуни)
Катунь
Каянча (приток Устюбы)
Куяган (река)
Куяча (река)
Куяченок
Кыркыла
Малая Бирюкса
Малая Кыркыла
Малый Каим
Мещанка (приток Булухты)
Моховая (приток Поперечной)
Мугута
Песчаная (приток Оби)
Сараса
Сосновка (приток Каменки)
Старобелокуриха
Устюба
Этогол

Помимо поверхностных вод, район богат подземными водами.

Родники Алтайского района:
Родник «Серебрянный ключ» с. Алтайское
Родник «Прохладный» с. Ая
Родник «Хвощевский» с. Ая
Родник «Подгорный» с. Ая
Родник «Глиняный ключ» у с. Ая 51.922832, 85.797753
Родник «Потаенный» у с. Ая 51.908746, 85.775674
Родник «Кирьянов» расположен между с. Ая и озером Ая
Родник «Комарский» с. Комар 51.709636, 85.388876
Родник «Куяганский» у с. Куяган 51.670191, 84.895826
Родник «Белый ключ» у с. Куяча
Родник река Куячонок у с. Куяча 51.636401, 85.116988
Родник «Михайловский ключ» у с. Куяча
Родник «Прискальный» с. Куяча 51.673277, 85.093254
Родник «Пионерский» у с. Нижнекаянча 51.892208, 85.743415
Родник «Октябрятский» у с. Нижнекаянча 51.894884, 85.740217
Родник «Баранчинский» урочище Верхняя Баранча у с. Никольское
Родник «Кипучий ключ» у с. Пролетарка
Родник с. Сараса 51.857094, 85.347125
Родник «Придорожный» на окраине с. Сараса
Родник «Святой» у с. Сараса
Родник «Каскад» с. Сараса
Родник «Малая Тартушка» у с. Сараса 51.858503, 85.357889
Родник «У Аргута» у с. Сараса 51.837596, 85.367060
Родник «У кедринок» у с. Тоурак 51.557627, 84.997987
Родник «Пихточки» у с. Тоурак
Родник «Тимошин лог» у с. Тоурак 51.537596, 84.900804
Родник «Выпад» на юго-восточной окраине Алтайского района, вблизи границы с Республикой Алтай
Родник гора Бобырган у границы Алтайского и Советского района 52.064621, 85.735048