Страной тысячи озер называют земли Алтайского края, к коим в полной мере относят и Баевский район. Благодаря большому количеству разнообразных больших и маленьких, глубоких и мелководных, пресных, соленых и горько-соленых озер. Общая площадь многочисленных водоемов составляет 21,3 тыс. га.
На территории района расположено более 130 озер и естественных водоемов. Самые большие озера: Лена, Соленое, Горькое, Подувальное, Мостовое, Травное, Серебряное, Домашнее.
В трех километрах от райцентра находится оз. Соленое, которое известно с по своим свойствам относится к наиболее целебным. По результатам исследований, проведенных Томским НИИ курортологии и физиотерапии, его донные отложения отнесены к типу среднеминерализованных среднесульфидных иловых лечебных грязей.
По территории района протекают
реки: Кулунда (главная водная артерия района), Чуман и Прослаушка (два ее правых притока), Пайва, Поперечка. Самая крупная и многоводная река – Кулунда, ее протяженность 72 км.
С севера на юг территорию района пересекает Кулундинский магистральный канал, построенный для обеспечения водой орошаемых участков степных районов края. Его протяженность составляет 45 км.
Кроме естественных водоемов в районе построены еще два пруда – на реках Пайва и Чуман с целью рекреации населения и орошения прилегающих сельскохозяйственных угодий.