Гидрографическая сеть Быстроистокского района представлена реками Обь, Ануй, Поскакуха, Озернуха, Камышенка и множеством речек и ручьёв, протекающих по поймам (Исток, Быструшка).

Река Обь. В нескольких километрах от восточной границы района от слияния рек Бия и Катунь рождается великая сибирская река. Протекая по району, Обь делит его на две неравных части, сообщение между которыми возможно лишь на водных видах транспорта (катерах, моторных лодках) летом, а зимой – по ледовой переправе.

Пойма Оби занимает обширные пространства, ширина ее местами достигает 10-15 км. Берега сложены легкоразмываемыми породами, и Обь здесь представляет собой равнинную реку с малыми уклонами. Направление течения Оби на территории Быстроистокского района – с востока на запад. Формы рельефа – гривообразные повышения и понижения между ними, а также выровненные пониженные участки. Правобережье Оби имеет высокий обрывистый берег. Покрытый сосново-березовым лесом, он расположен на невысоких реликтовых песчаных дюнах. В пойме много озер, проток и ручьев, а также большое количество заболоченных стариц. По их берегам, а также по понижениям сильно развит микрорельеф, представленный кочками.

Характерным для режима Оби является наличие двух волн половодья. Первая весенняя волна формируется за счет таяния снегов в бассейне рек, вторая – таянием ледников и горных снегов. Глубина затопления поймы 1–2 м. Вскрытие реки происходит в основном в конце второй или начале третьей декады апреля. В период половодья происходят частые разливы.

Обь в пределах Быстроистокского района образует многочисленные острова, некоторые из них – весьма крупные.

В числе островов, отмеченных на старых картах, можно назвать Заячий, Куендышев (в настоящее время Кундешевский), из находящихся ниже по течению – Коровий, Шишкин, Баркушов.

Остров Сосновый существовал еще в конце XIX века. Этот остров является одним из самых крупных островов у Быстрого Истока. Здесь представлено максимально возможное разнообразие пойменно-островных сообществ растений. На острове находятся песчаные гривы, высота самой высокой составляет 160 м. Остров состоит из двух частей, которые разделены небольшой протокой. Летом остров популярен у местных жителей как место сбора ягод и рыбной ловли, а зимой здесь организуются лыжные прогулки.

В числе старых – остров Сыскин (Дровяной). Он изображался на картах начала XX в.

На острове Гусином, по убеждению местных охотников, летом бывает много гусей.

Остров Осиновый знаменит тем, что у него находится перекат, где не просто мелко, но еще и имеются подводные камни. Именно этот перекат не позволял летом большим судам подниматься выше.

Остров Большой находится при впадении в Обь реки Ануй.

Напротив нефтебазы у правого берега есть остров Березовый. Между ним и берегом имеется протока Березовая. Считается, что в этой протоке всегда много рыбы.

В южной части района протекает река Ануй, левый приток Оби, впадает в нее у села Усть-Ануй. Берет начало на юго-западном склоне Ануйского хребта в Республике Алтай. В районе с. Черный Ануй река называется Черный Ануй. Длина 327 км, площадь бассейна 6930 кв. км. В начале своего течения Ануй имеет характер горной реки, а уже в нижней части до впадения в Обь приобретает характер спокойной равнинной реки. Река пригодна для устройства несложных сплавов.

Водоразделом Ануя с Обью на этом равнинном отрезке является Колыванский увал.

Речка Исток. Вытекает из озера, остатки которого до сих пор существуют в болоте Источном. Но не только озеро питало Исток. Во многих местах били из-под земли родники, а на всем протяжении впадали в него большие и малые ручьи. Вода в них поступала из болот Волчиха, Источное, Ад. В настоящее время вода в ручьях появляется лишь весной.

На территории района расположены озера Завьялово, Золотуха, Яровское, Казанка, Большое Карасёвое, Малое Камышное и множество других мелких озёр, прудов и стариц.

По данным, которые приводят А.Н. и Н.И. Дунец, на картах XIX – начала XX в. отмечены озера: Клепиково, Петрова (Петроушка), Кривое, Продольный Злудырь, Поперечный Злудырь, Моховое, Золотое, Исток, Крутое и др.

Наиболее известно озеро Завьялово, на берегу которого находится село Верх-Озерное. Озеро Завьялово самоочищающееся, родниковое, в нем водится речная и озерная рыба. Озеро представляет собой бывшую протоку Оби; оно является одним из популярных у жителей мест отдыха. Летом приятно побывать и искупаться в теплых чистых озерных водах.

Рядом с западной границей Быстроистокского района, около Колыванского увала есть озеро Декала. Из этого озера ранее вытекала небольшая речка, протекавшая под увалом и впадавшая в Ануй. Сейчас на месте реки Декала находится небольшое озеро и болото Мореодское.

Озера района питаются талыми, дождевыми и подземными водами.

В районе много болот. Одно из самых известных – болото Источное. Находится к востоку от села Приобского. Оно представляет собой низинное пойменное болото с осоково-тростниковой растительностью. Здесь есть различного размера «острова», относительно возвышенные, поросшие лесом участки. В настоящее время значительная часть лесов на болотах сведена. Продолжается рубка березняков. От существовавшего здесь когда-то соснового бора сохранились лишь отдельные деревья.

Водоемы района привлекают любителей водного туризма. На реке Ануй пользуются популярностью несложные сплавы на катамаранах и небольших плотах. Они отлично подходят тем, кто хочет сплавиться по реке, но не имеет специальных навыков и опыта. Река Обь – простор для рыбаков, любителей водных прогулок и уединенного отдыха на природе. Одними из самых «рыбных мест» в районе являются водоемы в селах Усть-Ануй (место, где Ануй впадает в Обь), Акутиха, Солдатово (на правом берегу Оби), Быстрый Исток. Сюда приезжают любители рыбалки не только из Алтайского края, но и из соседних областей.

Живописные берега, длинные песчаные пляжи и пустынные острова, самый большой из которых, сосновый площадью 70 га, привлекают «диких» туристов. Сюда можно приехать с палаткой, чтобы пожить как Робинзон на необитаемом острове, совершенно забыв на несколько дней о цивилизации и городской суете: загорать, купаться, рыбачить, собирать грибы, ягоды, лекарственные травы, а вечером сидеть у костра под звездным небом и наслаждаться тишиной, нарушаемой лишь неспешным шумом реки и ночными трелями соловьев.

На реке Обь и озерах рыбачить можно и летом, и зимой. Здесь водится судак, лещ, язь, щука, сазан, стерлядь, осетр, линь.

Родники Быстроистокского района:
Родник у с. Акутиха 52.438709, 84.393071
Родник у с. Солдатово 52.408784, 84.342819