Бийский район Алтайского края имеет густую речную сеть. Главные водные артерии, Бия и Катунь, пересекая район в западном направлении, сливаются в 40 км юго-западнее Бийска, образуя одну из крупнейших рек Сибири – Обь. В верховьях Бия и Катунь имеют типичный горный характер, в условиях предгорного рельефа – переходный от горного к равнинному. Здесь долины хорошо разработаны, течение более спокойное; русла характеризуются извилистостью, наличием многочисленных проток и старичных озер. Питание рек смешанного типа: главным образом, за счет весеннего снеготаяния и таяния ледников в Горном Алтае. Для рек характерно наличие двух волн половодья – весенний (в апреле-мае) и летний (в июне-июле) паводки.

Воды Бии чистые и прозрачные, воды Катуни мутноваты из-за взвешенных частиц.

Бия – вторая по водности река Алтая. Берет начало в Телецком озере. Ее длина – 301 км. Притоки Бии на территории района: Бехтемир, Неня, Талая. Шубинка (приток Бехтемира), Илюшиха (приток Бехтемира), Козлачиха (приток Бехтемира), Тайлап (приток Талая).

По территории района протекает правый приток Оби – река Чемровка, длина реки 123 км. Сухая Чемровка (приток Чемровки)

Озера, в основном, старичного типа в поймах рек. Наиболее крупное из них – озеро Канонерское – старица р. Катуни, образовавшееся при меандрировании ее перед слиянием с Бией. Расположено оно в живописном месте на окраине соснового бора в 8 км от города Бийска. В озере произрастают внесенные в Красную книгу Алтайского края растения – водяной орех, или чилим, и сальвиния плавающая.

Выходы подземных вод в виде источников отмечаются в долине р. Бия: на участке от села Стан-Бехтемир до пос. Боровой (восточная граница г. Бийска).

«Бехтемирское» месторождение природных минеральных вод является известным урологическим курортом Алтайского края. Используется для лечении в местном санатории «Рассветы над Бией» расположенном в предгорной зоне на берегу реки Бии у старинного казацкого села Стан-Бехтемир. В переводе с Алтайского Бехтемир буквально обозначает «владыка железа».

В 1991 году в Томском НИИ курортологии и физиотерапии было начато изучение функциональных свойств воды месторождения. В 1993 году ТНИИКиФ опубликовал отчет об изучении минеральной воды. Содержание серебра в воде, получило отражение в названии минеральной воды «Серебряный ключ».

Минеральная вода по химическому составу относится к слабоминерализованным гидрокарбонатным магниевокальциевым водам со слабо щелочной реакцией. Из перечня специфических компонентов в ней обнаружено серебро 3-4,7 мКг/л (превышает фоновые показатели в 10-15 раз) и кремневая кислота 17,2-24,7 мг/л, что послужило основанием выделения вод в особую группу - серебросодержащих минеральных вод.

Минеральная вода «Серебряный ключ» входит в реестр минеральных вод России и занимает достойное место в отечественной лечебной практике, применяется для лечения болезней мочеполовой системы – мочекаменной болезни, пиелонефритов; в гастроэнтерологии, педиатрии и др. областях медицинского лечения. Главным достоинством воды является ее способность выводить песок и останавливать процесс камнеобразования в почках и желчном пузыре.

Обладает диуретическим и противовоспалительным действием. До сих пор не известны другие источники с минеральной водой, аналогичной по составу воде этого месторождения.

Минеральная вода «Серебряный ключ» разливается в цехе на территории санатория «Рассветы над Бией» с 1995 года. Пить минеральную воду из источника можно без ограничений, так как ее минерализация - меньше одного грамма на литр.

Родники Бийского района:
Святой источник Тихвинской иконы Божией Матери п. Боровой г. Бийск
Родник «Первоначальный» п. Боровой г. Бийск, был обнаружен Детским эколого-туристическим отрядом "Родник", в ходе проведения экспедиции по поиску и очистки родников на правом берегу реки Бии в поселке Боровой в районе «Детского эколого-туристического центра». На протяжении 100 метров вдоль берега, было обнаружено семь родников. Они были завалены сухими листьями и сломанными ветками, камнями и грязью. Ребята провели их очистку, пронумеровали и сфотографировали. Родник под номером 7 оказался пригодным для забора воды. Ребята вбили кусок оцинкованного профиля, и вода побежала по его желобу. Название роднику дали от сочетания слов Первая школа и Начальные классы. 52.569204, 85.303954
Родник «Морозовский» г. Бийск
Родник у п. Сорокино г. Бийск 52.449943, 85.013114
Родник п. Молодёжный г. Бийск
Родник недалеко от пруда на р. Марчиха у с. Верх-Бехтемир
Родник с. Верх-Катунское 52.440597, 85.450599
Родник «Святой ключик» у с. Енисейское
Родник п. Мальцева Курья
Святой источник Святого Духа в окрестностях с. Малоугренёво
Святой источник благоверного князя Александра Невского, родник «Серебряный ключ» с. Одинцовка
Родник «Сростинский» у с. Сростки
Минеральный источник (скважина) у с. Стан-Бехтемир, вода разливается по бутылкам и реализуется под торговой маркой «Серебряный ключ»
Родник с. Усятское