С востока на запад Хабарский район пересекает р. Бурла – одна из главных водных артерий степного Алтая. По территории района протекают также реки Курья, Курьешка.

В районе – более двадцати озер: Топольное, Новоплотавское, Травное, Ленное, Душное, Плотавское, Горькое, Кислое, Рига, Богатские озера, Староутянское, Светлое, Чистое, Белое, Сараночное, Подувальное, Кривое, Землянское, Плоское, Пресное, Душное и др.

Озеро Топольное (его иногда называют Малым Топольным) – довольно большое. Площадь его около 13 кв. км, максимальная глубина 3,8 метра. Котловина озера находится в низине р. Бурла, южнее села Топольное. Пологие берега озера заросли камышом. Подпитывается озеро талыми водами, подземными ключами и водами реки Бурлы.

Озера Хабарского района входят в так называемую Бурлинскую озерную систему, которая расположена на крайней северо-западной оконечности Алтайского края, вблизи с границей с Новосибирской областью и государственной границей с Республикой Казахстан. Представляет собой цепь пресных и солоноватых озер, связанных руслом р. Бурлы. Озера являются ценными рыбохозяйственными водоемами. Бурлинская озерно-болотная система является местом скопления водоплавающих птиц, в т. ч. «краснокнижных». Бурлинские озера рекомендованы к охране в рамках программы «Ключевые орнитологические территории России» (Бурлинская КОТР), а также частично внесены в «теневой список» Рамсарской конвенции в качестве перспективных водно-болотных угодий.