По территории Панкрушихинского района протекают реки Бурла и др. Река Бурла протяженностью 67 км, ее притоки: Паньшиха – 22 км, Аксениха – 31 км, Курья – 10 км. Все притоки летом пересыхают за исключением Паньшихи.

Говорят, здесь жил переселенец из Польши. Наособицу жил, по-хуторскому, ни с кем дружбы не заводил. И была у него жена. Такая пышная, красивая, белолицая, кровь с молоком. Заметили селяне, что она купается не как все, а ходит к маленькой речушке, что вдоль бора течет. Зимой муж ей для умывания оттуда воду брал. Решили селяне, что в этой воде секрет красоты женской таится, и тоже стали брать воду для бани, а летом купаться здесь. Но до жены пана – «паньши», как ее тут звали, им было далеко. Женщины и прозвали эту речку Паньша. Паньшиха уехала или умерла – неизвестно, но осталось напоминание о былой красоте.

Еще на территории района расположено около 30 больших и малых озер, в т. ч. Русаки, Конево, Ванино, Старинка, Боровлянское, Лебяжье, общая площадь составляет около 1 300 га.

В двух точках района, на глубине 60-370 м, залегают минеральные воды, по химическому составу аналогичные минеральным водам «Алма-Атинская», «Крымский нарзан».

Существует проблема обеспечения населения доброкачественной питьевой водой. Природные подземные воды, используемые населением для питья, характеризуются высокой минерализацией: сухой остаток 1100-3500 мг/л, хлориды 300-500 мг/л, сульфаты 400-700 мг/л, жесткость 10-23 моль/л, железо 0,3-1,5 мг/л. В связи с этим в районе регистрируется повышенный уровень заболеваемости населения мочекаменной, желчекаменной и гипертонической болезнями.