Гидрографическая сеть Цивильского района представлена реками Большой Цивиль, Малая Цивиль, Унга, Аниш с их притоками. Большой Цивиль по территории района протекает 50-километровым участком среднего течения. Наиболее крупный левый приток Большого Цивиля Унга. Малый Цивиль по территории района протекает 20-километровым участком ниж. течения. Основным источником питания рек явяется снежный покров, его доля в годовом стоке составляет 80—90%.

Водоемы ООПТ Цивильского района: озеро «Бездонное», озеро «Куле», Родник «Анатри Çǎл», «Родник деревни Булдеево», «Родник деревни Шордауши», «Родник деревни Кильдюшево», «Родник села Большая Таяба».