Главная река Красночетайского района — Сура, её протяжённость в районе составляет 63 км. Остальные реки — мелкие водотоки, притоки Суры и Вылы.

Озёр в районе мало, почти все они в пойме Суры. У большинства населённых пунктов в оврагах, балках и ручьях запруды и пруды. В Красночетайском районе 23 болота общей площадью 520 га. Четыре из них, наибольшие по площади, взяты под охрану как памятники природы.