Реки Шемуршинского района — Бездна, протекающая по территории района на протяжении 34 км и впадающая в Суру, и Карла, протекающая на протяжении 24 км и впадающая в Свиягу на территории Республики Татарстан.

Остальные реки — притоки Бездны и Карлы.

Озёр мало, они невелики по размерам. Водоснабжение района осуществляется за счет подземных вод.