Самым крупным озером является озеро Удыль (площадь 390 км²), связаное с рекой Амур через Ухтинскую протоку. Другими крупными озёрами являются Кизи, Кади, Иркутское, Дудинское, Черемшанное, Халанское, Дальжинское.
Река Амур играет значительную роль в жизни населения и развитии экономики района. Она связывает почти все населенные пункты района с городами Николаевском-на-Амуре, Комсомольском-на-Амуре, Амурском и Хабаровском. Амур является не только крупнейшей водной магистралью, но и базой для хозяйственной деятельности рыболовецких колхозов. В него впадают около 160 рек различной длины: Амгунь, Бичи, Пильда, Лимури, Яй и другие.

Большое Кизи, озеро в Хабаровском крае РФ, в пойме правобережья нижнего течения р. Амур. Соединено протокой с Амуром, на В. отделено от Татарского пролива невысокой (55 м) и узкой (8,5 км) полосой суши. Площадь озера при среднем уровне 280 км2 (изменяется при колебаниях уровня). Глубина до 3—4 м. Озеро делится на 3 части: Айский залив, Нижнее и Верхнее Кизи. Развито рыболовство.