Болота занимают 46,2% площади района. В северной и восточной частях множество озёр.

Самые крупные озёра: Леушинский Туман, Турсунтский Туман, Среднесатыгинский Туман, Сырковое, Картпаутур, Темрях, Яхтур.

Самые крупные реки: Конда, Кума, Юконда, Мулымья, Катым.

Реки Кондинского района
Алымка (приток Конды)
Амынья (приток Леушинского Тумана)
Ахья (приток Кумы)
Балбанъю (приток Кемпажа)
Беленгутская
Болчаровка
Большая Леушинка
Большая Речка (приток Конды)
Большая Сага
Большая Учинья
Большой Тап
Вай (приток Катыма)
Вай (приток Мортки)
Венгель
Вершинная (приток Чепыша)
Вишье
Вишья
Воевланка
Волья (приток Конды)
Вом
Воръя (река, впадает в Полушаимское озеро)
Вына
Вынт
Евра
Егырсан
Ёл
Емыс
Ингатья
Инлоу
Инхера
Ирья
Кама (приток Конды)
Карпья
Карсунья
Карым (приток Юконды)
Катым
Кекун
Кетлох
Килейка
Киндаль
Ковенская
Колтысья
Конда (приток Иртыша)
Кульма (впадает в Малый Толкорп)
Кума (приток Конды)
Курухтал
Ландина
Ларья (приток Лохъя)
Ларья (приток Хомыша)
Лаут (приток Кумы)
Лева
Левдымская
Левка (приток Большого Тапа)
Левый Венгель
Лемпанья
Летнинская
Леушинка
Лохтъя
Лохъя
Майоровка (приток Кумы)
Малая (приток Олымьи)
Малая Канда
Малая Кума
Малая Леушинка
Малая Невлачкинская
Малая Сага
Малая Юконда
Малый Тетёр
Манкуломья
Матья
Могат
Мордъёга
Мортка
Мулымья
Мурах
Невлачкинская
Нерпалка
Неурья
Нитльёган
Нурья
Нюра (приток Мордъёги)
Ойтья
Олымья
Онтох
Оурья (приток Чёрной)
Охан
Панкраткина
Патлот
Полушаимка
Полымья
Посал (приток Воръя)
Пошворья
Правый Венгель
Пуйя
Пуломья
Пулья
Путик
Рахта
Салпья
Самсур
Сопротья
Сотниковская
Супра
Тава
Тайлоково
Тамашняя
Тангуль
Тантулья
Татарка (приток Кумы)
Терез
Теулек
Тондым
Тугутка (приток Конды)
Тулья (приток Аха)
Тумра
Тумья
Тыним
Убья
Усть-Тетёр
Ушья (приток Чёрной)
Хешма
Хозым
Хомыш
Чанчар
Чебачка
Чепурья
Чепыш
Чёрная (приток Евры)
Чёрная (приток Тавды)
Чилимка
Шума (приток Конды)
Шумья
Экуталька
Энтопля
Юконда
Явутти
Ягатка
Ягла
Якса
Ярка