Протекают река Обь, река Тром - Аган, река Моховая, река Почекуйки, река Чернач, реки Большая и Малая Кучиминские, реки Минчимкинаи Быстрый Кульеган, а также существует система озер.

Реки Сургутского района
Аган
Ай-Айкаёган
Ай-Ватьсортъягун
Ай-Вачимъяун
Ай-Вокырапъягун
Ай-Вуяяны
Ай-Икмельюльх
Ай-Имиягун
Ай-Ингуягун
Ай-Инкигый
Ай-Кирилл-Высъягун
Ай-Котингтур
Ай-Кульпеу
Ай-Курусъях
Ай-Лемы
Ай-Липикъяха
Ай-Лунгъях
Ай-Люкъягун
Ай-Магромсы
Ай-Мекуль
Ай-Нятлонгаягун
Ай-Нятымкоръягун
Ай-Ортъягун
Ай-Печпанъях
Ай-Пим
Ай-Поръёган (приток Поръёгана)
Ай-Пуглыигль
Ай-Пулунъях
Ай-Пунигль
Ай-Пытьягун
Ай-Саваильпа
Ай-Синкъях
Ай-Согоръягун
Ай-Сухмитингъягун
Ай-Тауригль
Ай-Тлякомкоимъягун
Ай-Тоталым
Ай-Тромъёган
Ай-Юхкунингуягун
Айкаёган
Айлемынг
Айпеу (приток Большого Югана)
Айпеу (приток Нёгусъяха)
Айсоим (приток Соима)
Аккары
Аккунъягун
Амкуяха
Амтунъюх
Аношкина
Арматолито-Тяха
Большая Густая Речка
Большая Кучиминская
Большая Юганская
Большой Балык
Большой Кулъёган
Большой Лапынигль
Большой Покур
Большой Юган
Быстрый Кульёган
Ванкыръягун
Вансоригай
Ванъягун
Варнъёган
Варсынгтанъюган
Варъёган
Варынгъюган
Васьюган
Васюмпеу
Вать-Сортъягун
Ватьёган
Вачемпеу
Вачимъяун
Вачингурийягун
Вашинпеу
Векъяха
Венаюган
Версиярт
Верхний Лобановский Ёган
Вирсияун
Вокырапъягун
Волоктаягун
Вонтпайлемынг
Вонтыръягун
Вочингъяун
Вочъягун
Вутъяун
Вуяяны
Вынга
Густая Речка
Егуръях
Енорд
Ентль-Курусъях
Ентльигль
Епельпетьях
Епленпеу
Ергонгоягун
Ермакъюган
Ершова (приток Большой)
Игвайягум
Иголорт
Ийайягун
Ийягун
Икмельюльх
Икях
Имиягун
Ингльпеу
Ингуягун
Инкигый
Инкуяха
Ихлыпъярт
Ихыйегарт
Кагнып
Калинина
Камылигль
Кантльяун
Канциях
Капейтяха
Карпама
Картыварынглемынг
Картыкатигый
Карымигль
Карыягун
Катесовский Ёган
Катлинигый
Каттойечтыпур
Каттойнярсинъягун
Каюковская протока
Кевруягун
Кельсиюган (приток Второго Лямина)
Кемчаяха
Керпетьягун
Кильсэнъягун
Кинымурий
Кирилл-Высъягун
Китапи
Коимигый
Коимлох
Коимсап
Колкоченъягун
Комарья
Комна-Мейта
Коръяун
Коръячияун
Косамыяха
Котингтур
Котлунгайягун (приток Вокырапъягуна)
Котлунгайягун (приток Ингуягуна)
Котлунгъягун (приток Ингуягуна)
Котлунгъягун (приток Энтль-Имиягуна)
Котлунгъяун
Коттымъёган
Котухта (верхний приток Ватьёгана)
Котухта (нижний приток Ватьёгана)
Коутльигый
Кочетъёган
Кочуигый
Куйми
Кулунигый
Кулъях
Кумалиягун
Кутлопъявин (приток Тромъёгана)
Кутлопъягун
Куттылоригай
Кутык-Игль
Кутымигай
Кутюрсун
Кушатяха
Лабтъёган
Лангепас (протока)
Ланкияун
Ларкыт
Лартель
Лархни
Латъяун
Левый Лямин 1-й
Лематъяун
Леналонко
Ленитъявин
Лимпас
Липикъяха
Локкумъягун
Лоольях
Лопасынгъявин
Лопасынкояун
Лоригль
Лоркортъюган
Лоркуйягун (приток Вуяяны)
Лоркуйягун (приток Колкоченъягуна)
Лоромъягун
Лукенъёган
Лукъёхан
Лунгунигый
Лунгъях
Лупуингухта
Люккумпигый
Люкъягун
Люхъягун
Лямин
Лямин 1-й
Лямин 2-й
Лямин 3-й
Лянисигль
Ляпяханэмтъяха
Лярыкни
Маальях
Магромсы
Малая Кучиминская
Малая Селятль
Малый Версиярт
Малый Ёган (приток Пеньковского Ёгана)
Малый Юган
Масльвынтяха
Матолитотяха
Мевтынглемынг
Мекуль
Менкалемынг
Меудекъяун
Мильтонъяун
Минчимкина
Мойхорасъёхан
Молкъёган
Мототяха
Моховая (приток Тромъёгана)
Мугуттойигый
Муроягун
Муюлор-Яун
Нанклемынг
Нанымья
Нарых
Нёгусъях
Нёремигый
Нёримкотымигль
Нёримъёган (приток Айкаёгана)
Нёромъягун
Нёухъяун
Нижний Лобановский Ёган
Ниматума
Нинкуунпеу
Нонгъёган
Нохыръюхъёган
Нюксап
Нюрпеуугут
Нюча-Хапхльнутяй
Нялинкисигый
Нярсинъягун
Нярымъярт
Нятлонгаягун
Олтынъягун
Оморъягун (приток Нятлонгаягуна)
Оморъягун (приток Тромъёгана)
Онгикумъёгарт
Онтынгъягун (приток Нятлонгаягуна)
Онтынгъягун (приток Тромъёгана)
Ортъягун (приток Тромъёгана)
Отюнигль
Пайлоръягун
Пайтояха
Паннэпим
Пасом
Паутльяун
Пеньковский Ёган
Петьяун
Пехимъягун
Печпанъях
Пим (река)
Пинтыръягун
Порсэмлыикиёхан
Портынпеу
Поръёган
Послигый
Почегай
Почекуйка
Пошасолынгъюган
Правый Лямин 1-й
Пуглыигль
Пугольягун
Пулейигль
Пулунъях
Пулыйтигай
Пулянигль
Пунушъяун
Путалинский Ёган
Путлунигый
Пынкильях
Пытьягун
Репорнъягун
Росъяха
Саваильпа
Савуйпеу
Савунъёган
Сагунъягун (приток Ингуягуна)
Сагунъягун (приток Энтль-Имиягуна)
Санкиинкъяун
Санкиягун
Сапоркояун
Сартигль
Сахалинская
Селятль
Серакортъюган
Сетаяха
Сигинпеу
Сингъягун
Синкъях
Согоръягун
Соим
Сормина
Сортымпим
Сортымъёган
Сорымъярт
Сугмутенъягун (приток Кирилл-Высъягуна)
Сугмутенъях (приток Большого Югана)
Сукуръяун
Сумтынгъюган (приток Первого Лямина)
Сунтынглемынг
Сурьяха
Сухмитингъягун (приток Волоктаягуна)
Сухмитингъягун (приток Тляттыягуна)
Сухмитингъяун
Сылькыягун
Сэккынгъяха
Талгемъягун
Тапъяун
Тауригль
Тилесьягун
Тливумъягун
Тлиптлиигль
Тлоктыёган
Тлунгъягун (приток Ингуягуна)
Тлунгъягун (приток Котлунгъягуна)
Тлюгулюнгъягун
Тлякомкоимъягун
Тлянтыкоим
Тляттыягун
Тонтыкортъяун
Тоньехльтыта
Тормытигый
Тосамыяха (приток Третьего Лямина)
Тоталым
Тоталь
Тотымаяун
Тромъёган
Тугалыпсап
Тугаскинская
Тунгомыяха
Туръях
Турынгъяун
Тутлеймъяун
Туяун
Тыяха
Тягель
Угпанъягун
Угутка
Ульпъягун
Ультильпъягун
Ультъягун
Ун-Вошъёган
Унтыгигыйсап
Урийпегу
Урийпитыёган
Урнгиявин
Урьевский Ёган
Утерпеу
Хальинкъюган
Ханытъюган
Хапхльнутяй
Харвертъяха
Хлильхигый
Хойёган
Холынглемынг
Хомысигай
Хоплемынг
Хоръёган
Эгутъягун
Энтль-Имиягун
Энтль-Лепыкигль
Энтль-Пунигль
Энтль-Туръях
Энтль-Юхлынгъяун
Энтльпеу
Юмаяха
Юрьигый
Ютъяха
Юхкуйягун
Юхкунингуягун
Ягмунъягун
Яккунъях
Якъяун
Янгигый
Ятыпсёяха
Яумынъяун