Калининский район богат водными ресурсами. Основной водоем района — река Понура. На территории района находятся лиманы, плавни, искусственные каналы и пруды.

Территория района лежит на Кубано-Приазовсой низменности. Юго-восточная часть района представляет собой равнинное плато "Коренная терраса р. Кубань" с постепенным понижением на юго-восток слабо расчленена тремя мелкими балками и испещрена многочисленными понижениями различной формы и величины (западины, блюдцеобразные понижения). На юге и юго-востоке района расположены третья (коренная), вторая (надпойменная) и первая (древняя пойма) террасы реки Кубань. Третья терраса представляет собой степную равнину. Разница абсолютных высот третьей и второй террасы составляет около 3 м. Вторая терраса проходит вдоль правого берега Ангелинского Ерика и характеризуется относительными отметками 12,9 м на юго-востоке, 10 м - на западе. Подобный уклон на запад прослеживается и в восточной части территории от Ангелинского до р. Кубань, известной как древняя пойма реки Кубани.

Kак пойменная, так и надпойменная террасы представляют собой широкую дельтовую равнину с присущей ей пойменным ландшафтом: большое количество западин, часто называемых лиманами и невысоких гряд. Западины часто избыточно увлажнены и засеяны гидрофильными формами растений. На западе района расположены в древней дельте р. Кубани и представляют типичную волнистую равнину с общим уклоном на северо-запад в сторону Азовского моря.

В дельтово-пойменном районе можно выделить подрайон старой (древней) дельты р. Кубани и современную или молодую дельту - подрайон Приазовских и Чебургольских плавней. Приазовские и Чебуpгoльские плавни это наиболее молодой район дельты. На территории Калининского района он выделяется на правой стороне р. Протока, начиная от ст. Гривенской до северо-западной и южной границы. Наличие прирусловых гряд и депрессий, а также слабый уклон местности внутри района создают благоприятные условия для его заболачивания. Широкое распространение болот (плавней и лиманов) составляет типичную черту этого района.

Старая (древняя) дельта р. Кубани занимает почти всю территорию Калининского района (от к-за "Память Ильича" до восточной границы). От плавневого района он отличается большей высотой над уровнем моря.

Предкубанская степная равнина выделяется небольшим участком на севере Калининского района (с-з "Мирный", к-з "Заветы Ильича"). Граница между старой дельтой и предкубанской степной равниной проходит по реке Гречаная балка.

Протекающие по территории района река Протока, ерики Крутой и Ангелинский не имеют самостоятельных долин, т.е. они не участвовали в Формировании аккумулятивного рельефа, а сами вырабатывали себе русло.

Реки Гречаная балка, Понура, балка Касатая и Таранцева - типичные степные реки, не имеющие хорошо разработанных долин.

Гидрографическая сеть на территории района хорошо развита и представлена как естественными водоемами, так и сетью созданных оросительных и осушительных каналов.

Естественными крупнейшими водоемами являются реки Протока, Ангелинский ерик, Понура, Гречаная балка, балка Касатая, балка Таранцева. Кроме них в западной и северо-западной части широкое распространение получили ерики, лиманы, озера.

Река Протока, окаймляющая юго-западную границу района, является правым рукавом реки Кубань. В настоящее время берега реки обвалованы, основным источником питания её являются воды, образующиеся в результате таяния ледников и снегов высокогорной зоны бассейна реки Кубани, а также небольших речушек, которые берут свое начало с главного Кавказского хребта.

Река Протока, вследствие низкого расположения местности, по которой она протекает, и частым паводкам, служила главной причиной образования плавней, которые не использовались веками, а сейчас используются под рисовые чеки. Центральная часть района по сравнению с плавневой частью более приподнята над уровнем моря и раньше вышла из-под влияния паводковых вод.

Река Ангелинский ерик является притоком реки Протока и питается за счет атмосферных осадков и надземных вод.

К наиболее значительным относятся ерики Паровой, Крутой, Порончиков.

Реки Понура, Гречаная 6алка, 6алка Касатая и Таранцева - это типичные степные реки. Питание их происходит за счет атмосферных и грунтовых вод. Незначительный сток и созданные во многих местах плотины являются источником заболачивания рек.

Из искусственно созданных водоемов наиболее значительными на территории района является Джерелиевский коллектор и Понурский канал.

Среди условий почвообразования грунтовым водам в поймах и дельтах рек, наряду с паводковыми, принадлежит весьма важная роль. Их влияние, прежде всего, сказывается на развитие процессов заболачивания и засоления почв.

Режим уровня грунтовых вод зависит от элементов рельефа, количества осадков и от уровня воды в водоемах. На уровень грунтовых вод, в основном на его повышение, влияет рисовая система. В плавневом районе дельты уровень грунтовых вод колеблется от 0 до 150 см от поверхности.

В древней дельте преобладают площади с грунтовыми водами на глубине 3-4 м от поверхности и способствуют формированию луговато- и лугово-черноземных почв. В плавневом районе под влиянием избыточного увлажнения произошло заболачивание земель с образованием влажно-луговых» лугово-болотных и аллювиально-болотных перегнойно-глеевых почв.

Следует отметить, что в пониженно-равнинных местах и депрессиях поймы и дельты, сложенных обычно тяжелыми глинистыми породами, грунтовые воды, вследствие испытываемого ими подпора от реки протоки, ериков и подпитывающего влияния грунтовых вод вышерасположенных территорий, являются обычно напорными и застойными «Застойность обуславливает повышенную минерализацию грунтовых вод в депрессиях и частую приуроченность к ним засоленность почв.

На предкавказской степной равнине (в северо-восточной части района) грунтовые воды залегают на глубине 6-7 м и не оказывают влияние на процесс почвообразования. В этой части района сформировались черноземы типичные и обыкновенные.

Анализы грунтовых вод показывают, что в Кубанской дельте наиболее сильно засолены грунтовые воды приморско-лиманной полосы плавневого района и прилегающие к ней участки переходного района.

В северо-восточной части старой дельты идет снижение минерализации грунтовых вод.

Население Калининского района для хозяйственно-питьевого водоснабжения использует артезианские воды западной части Азово-Кубанского бассейна. Источниками водоснабжения являются 64 артезианские скважины.