Основной водной артерией Курганинского района является река Лаба, имеющая общую протяженность в пределах района 80 км, по которой проходит западная граница района. Курганинский район пересекает также несколько средних рек - Чамлык, Синюха, Зеленчук 1-й. Кроме того, протекает множество мелких речушек, притоков более крупных рек, - Кукса, Верхний Ерик, Нижний Ерик, Лабёнок, Старый Лабёнок. Река Лаба типичная горная река ледникового происхождения, со скоростью течения до 2,3 м/сек.
Население района получает 100% питьевой воды из артезианских скважин.
В районе станицы Родниковская с незапамятных времен находятся родники пресной воды.