Славянский район богат водными ресурсами как естественными, так и искусственными. Естественные водоемы: Азовское море, река Кубань и река Протока, лиманная зона, включающая ряд больших и малых лиманов, ериков. К искусственным водоёмам относятся пруды, каналы, а также оросительно-поливная система, построенная в целях ведения хозяйственно-экономической деятельности.

Славянский район омывается Азовским морем на протяжении 45 км. Берег – песчано-ракушечный, безлесный и невысокий. Азовское море – естественный, уникальный водоём, характеризуется мелководностью и низкой солёностью из-за опреснения реками Кубань и Протока, а также магистральными каналами. В связи с этим море легко замерзает на 1 – 3 месяца (декабрь – март). Летом вода сильно прогревается и нередко у берегов температура её достигает 28 градусов. Всё это в комплексе создаёт благоприятные условия для обитания и воспроизводства разнообразных видов рыбы.

Река Кубань – главная водная артерия Краснодарского края, берёт своё начало в ледниках Кавказских гор и впадает в Азовское море в Темрюкском районе. Протяженность в пределах Славянского района – 62 км. Её правый дельтовый рукав – река Протока (протяжённость в пределах района – 128 км) впадает в Азовское море неподалеку от села Ачуево. Ширина рек – 100 – 150 м, глубина 3 – 4 м, скорость течения 0,6 – 0,7 м/сек.

Вода в реках отличается высокой мутностью, т.к. содержит много взвешенных частиц (около 0,05%), по содержанию солей считается среднеминерализованной, а по составу солей – сульфатно-гидрокарбонатной. Русла рек сложены из глины, песка и ила, которые легко растворяются или размываются во время паводков, при усилении течения. Берега рек, в основном, обрывисты. Вода в реках пополняется за счёт таяния ледников, снега, дождей и поступления подземных вод.

Обе реки на протяжении своего прохождения укреплены предохранительными дамбами от разлива. Но, иногда, при обильном снеготаянии и большом количестве дождей в горах, в реках происходит резкий подъем воды. В менее защищённых местах происходят прорывы защитных дамб, вода разливается и приносит большой ущерб сельхозугодиям. При этом реки Кубань и Протока имеют огромное значение в жизни и деятельности Славянского района, так как её водные запасы – основа сельскохозяйственной деятельности района.

С середины XIX века реки Кубань и Протока стали активно использоваться в речном судоходстве. Для эффективного и безаварийного судоходства были созданы специальные службы, которые постоянно следили за состоянием рек. Русла рек постоянно чистились от наносного грунта земснарядами, корчекраны удаляли с русла рек затопленные и принесённые водой деревья. К концу XX века, в связи с падением объёмов речных перевозок и прекращением использования рек в судоходстве, были прекращены работы по поддержке безопасного состояния рек.

Плавневая территория района, образованная рекой Протокой, освоена, в основном, во второй половине ХХ века и используется по сельскохозяйственному назначению. И только небольшая часть плавней, расположенных в непосредственной близости к лиманам, осталась нетронутой и находится в первозданном виде.

Здесь же, в лиманно-плавневой части района, находится Приазовский республиканский заказник.

Лиманы, имеющиеся на территории района – это неглубокие водоёмы, созданные деятельностью Азовского моря. Нередко названия лиманов характеризуют их параметры, состав и солёность воды. На территории района располагаются три группы лиманов: Жестерская, Горькая и Сладковская. Все лиманы находятся в западной части территории района. Почти половина из них расположена в границах Приазовского государственного охотзаказника.

Все лиманы – это удобные нерестилища для рыбы, богатые кормом для водоплавающих птиц.