Водные ресурсы Идринского района представлены реками старичными озерами и подземными водами.
Почти вся территория Идринского района расположена на среднегорных участках, которые на юге и западе переходят в низкогорье и равнинные лесостепи. На большей части района расположены отроги Западного Саяна высотой от 400 до 1000 м над уровнем моря. Наивысшая точка — гора Кортуз (1186 м над уровнем моря).
Речная сеть Идринского района представлена бассейнами двух крупных рек: Сыда и Сисим, и их многочисленными притоками.
В горных участках реки имеют характер бурных стремительных потоков, а в степной и лесостепной зонах приобретают хорошо выраженные долины с системой меандр и стариц. К долинам рек приурочены эрозионно-аккумуляторные формы рельефа, к которым относятся русловые, пойменные и террасовые отложения четвертичного периода.
Река Сыда, главная река района, берёт начало на западном склоне Восточного Саяна, впадает справа в Енисей (Красноярское водохранилище). Имеет 7 притоков справа по течению и 7 левых. По реке Сыда и Отрок осуществляются сплавы как коллективные, так и одиночные. Река пересекает Идринский район с востока на запад на протяжении 80 километров. Её верхнее течение с крупными притоками Отрок, Ко, Шмо и поперечная Сыда представляют собой довольно разветвленную систему водных потоков, густо покрывшую всю восточную половину района. В нижнем течении Сыда получает приток - Идру, а справа впадает река Хабык. Спустя 5 километров (в пределах соседнего Краснотуранского района) течение реки останавливается Сыдинским заливом крупнейшего в Сибири Красноярского водохранилища.
Спокойное, размеренное течение для Сыды малохарактерно. Меандры характеризуют реку лишь ниже Идры (против скалы Средний Тигей), где течение медленное.
Пойменные острова - имеют аккумулятивное происхождение, старицы и отмели периодически повторяются по длине реки, кроме 30 км участка в верховьях. Там Сыда и её притоки с шумом пробиваются то в широких, то в узких ущельях, образуя по существу единый перекат. Долина реки была заложена ещё сотни миллионов лет назад, тогда как интенсивность горных поднятий несколько приубавилось лишь 300 тысяч лет назад. Подобное обстоятельство проявилось в формировании долины правого притока реки Сыды - реки Ко. Долина реки Ко врезана на глубину почти достигающую километра. Вершина правого борта имеет отметину 1240 метров, а левого - 1493 метра.
В бассейне реки преобладает сельскохозяйственное производство, но водоснабжение не превышает 0,5% годового стока реки (2,2 млн. кубических метров). Расход воды с декабря по март месяц снижается с 5-4 м3/с до 2-1,5 м3/с. В засушливые периоды лета, что не особенно характерно для территорий бассейна Сыды, расход также снижается с нескольких десятков до 5-4 м3/с. Но с наступлением дождей, уровень воды резко возрастает. Многократно увеличивается и расход. В осенние периоды водный режим реки находится почти в полной зависимости от дождевых осадков и колеблется широко: от четырёх до сотен м3/с. Среди речных систем в бассейне Сыды наибольшую роль играет древовидная речная сеть. Подчинённое значение получила радиальная речная сеть. Её типичным проявлением является система целого десятка ручьёв и речек горы Лутаг. Питание реки снеговое, дождевое и подземное. Последнее является основным источником вод для середины и конца лета.
Река Сисим. Горно-таёжная река, берущая начало на западных склонах хребта Манского Белогорья (Восточных Саян). Справа впадает в Енисей (Красноярское водохранилище). Имеет четыре правых и три левых притока. На большом участке длиной 200 километров река протекает в суженных порожистых участках долины. На этих участках русло её загорожено шиверами и камнями, мешающим прохождению даже небольших саликов (местное название мелких плотов на 2-3 человека). Местами река разбивается на ряд рукавов, образуя в рыхлых наносах долины плавные меандры, становясь совершенно доступной для лодочного движения вверх на шестах и вниз на гребнях. В верховьях реки проходит железнодорожная трасса Абакан-Тайшет, ведутся лесозаготовки.
Река Убей. Таёжная река. Берёт начало в предгорьях Восточных Саян, впадает справа в Енисей (Красноярское водохранилище). Имеет два правых притока. На протяжении более 80 км длины течения, река принимает ряд значительных притоков. Справа в неё впадают Большой и Малый Каспай, Устук, Большой и Малый Ижат, Еловк, ключи Лиственный и Можарки; слева - реки Колдыбай, Салба (Мерзлая Салба и Можар). Убей не пригодна ни для сплава, ни для лодочного движения вследствие своего горного характера.
Река Хабык. Правый приток реки Сыда. Берёт начало в западных отрогах Восточных Саян. В бассейне развито сельскохозяйственное производство. Общее водопотребление составляет 1,7 млн. кубических метров - около 1% годового стока реки.
По территории района протекают также реки Анжар, Хабык, Котель, Отрок, Салба, Тыгда, Телек, Идра, Убей, Колдыбай, Большая Шушь, Уря-Сисим и десятки малых рек и ручьев.
Подземные воды. Сведения о грунтовых водах имеются только по выходам родников. Их химический состав мало изучен. Уровень грунтовых вод находится на глубине от 3 до 15 метров. Питание водоносного горизонта осуществляется главным образом за счёт атмосферных осадков.
В зависимости от состава водовмещающих пород, характера распространения в них подземных вод и степени водонасышения, в районе выделяются следующие водоносные комплексы: песчано-галечниковых отложений; терриченно-осадочной толщи: терриченно-осадочной толщи верхнего девона; эффузивно-осадочной и терриченно-карбонатной толщи кембрия; эффузивно-осадочной толщи среднего и нижнего девона.
Для водоснабжения представляет интерес современные аллювиальные отложения, представленные песчано-галечниковыми материалами. Эти отложения развиты по долинам рек в виде русловых и пойменных отложений.
Родники, источники Идринского района:Святой источник иконы Божией Матери «Казанская» близ д. Малые Кныши