В природном отношении Казачинский район - это типичная подтаежная территория, расположенная на стыке Западно-Сибирской равнины и Среднесибирского плоскогорья. Западная часть территории входит в Чулымское плато. Центр района сложен террасами Енисея, ширина долины которого достигает 10—25 км. Север на правобережье сплошь заболочен. С востока и юго-востока правобережья Енисея в район заходит Енисейский кряж.
Через всю территорию Казачинского района, расположенного в южной части Красноярского края, с юга на север протекает одна из крупнейших рек мира – Енисей. Основным источником питания Енисея являются талые снеговые воды равнин и горных областей, поэтому воды Енисея имеют небольшую мутность. Уровень воды в реке в значительной степени регулируется Красноярской ГЭС.
Вода в реках используется для хозяйственных и бытовых нужд. Река Енисей служит транспортной магистралью, соединяющей населенные пункты, расположенные на левом и правом берегу этой реки. Село Казачинское расположено на левом берегу реки Енисей, в устье реки Черная, которая условно делит село на северную и южную части.
Интересны неглубокие и порожистые реки Кемь, р. Сполошная, р. Ягодкина, пригодные для сплавов и рафтинга, золотоносный бассейн реки Белокопытовка.
Территория муниципального образования Казачинское расположена в области сочленения двух гидрогеологических районов III порядка: Чулымской группы бассейнов пластовых безнапорно–субнапорных вод и Казачинского артезианского бассейна (в центральной и восточной частях района).
Родники, источники Казачинского района:Святой источник апостолов Петра и Павла с. Казачинское