Город Зеленогорск расположен в центральной части Красноярского края, на территории Рыбинского района, на левом берегу реки Кан, в устье реки Барга.

Через весь город протекает река Барга, которая представляет собой искусственное русло в виде открытого и закрытого каналов.

На правом берегу реки Кан, в пешей доступности, протекает река Богунай с трехступенчатым водопадом. В летний период водопад Богунай представляет собой прекрасное место отдыха любителей дикой сибирской природы чистейшего воздуха и воды.

На озерах «Ближнее» и «Лебединое» оборудованы пляжи.