Территория района характеризуется относительно развитой гидрографической сетью, представленной бассейном реки Тёши. Все реки относятся к равнинному типу. По территории района, кроме реки Тёши протекают реки Леметь, Иржа, Ломовь, Канерга, Сиязьма, Чара.

В районе имеются озера карстового происхождения:

Озеро Большое — площадью 45,6 га расположено на водоразделе рек Серёжи и Тёши. Длина озера 1380 метров, наибольшая ширина — 550 м, глубина — 21,6 м,

Озеро Комсомольское — 18,4 га. Вытянуто в направлении с северо-запада на юго-восток. Его длина 230 метров, ширина 60—80 метров. Берега заняты высоковозрастными сосновыми борами.

Озеро Нуксенское — 25 га, расположено на водоразделе рек Серёжи и Тёши. В прошлом озеро составляло единое целое с озером Большим. В настоящее время их разделяет болото Пустынное. Наибольшая длина 1120 метров, ширина 250 метров. Глубина в среднем 4 метра. Вода мягкая, желтоватого оттенка.

Озеро Чарское — площадь 31,2 га, вытянуто в направлении с запада на восток. Длина озера 1300 м, максимальная ширина 450 м. Глубина озера до 16 метров. Озеро проточное, через него протекает река Чара.

Болото Пустынное — занимает 2242 га, расположено в истоке реки Шилокша, берущей начало в юго-восточной части. Болото в основном переходного типа, встречаются небольшие верховые участки.

Болото Светлое — площадь 84 га. Представляет собой типичное переходное болото. На его территории распространено переходная осоково-офагновая топь.

Болото по реке сырой Изряк— площадь 211,6 га. Болото тянется вдоль русла реки узкой полосой шириной от 100 до 300 м, расширяясь ниже устья реки Веложи до 700—800 м.

Родники

- Источник Святой Троицы между селами Автодеево и Михеевка
- Святой источник «Казанской» иконы Божией Матери у села Автодеево, находится в запустении, расположен примерно в 500 метрах за источником Святого Духа
- Источник Святой Троицы у села Канерга
- Скважина на берегу реки Теша у поселка Саконы
- Святой источник святителя Тихона Амафунтского у поселка Саконы
- Святой источник святителя Николая Мирликийского поселок Саконы
- Святой источник равноапостольных царя Константина и царицы Елены у села Хрипуново
- Родник у с. Леметь, в 1.5 км севернее церкви, в левом коренном склоне долины реки Леметь деревянный сруб
- Родник восточная окраина д. Ново-Лазаревка, на коренном склоне р. Теши деревянный сруб
- Родник западная окраина с. Личадеево, в основании правого склона р. Нуги деревянный сруб
- Два родника в 700-800 м юго-восточнее деревни Кавлей
- Родник село Кужендеево