Основу водных ресурсов территории района формирует крупнейшая водная артерия страны — река Волга, вдоль которой тянется широкая пойма. На пойме много озёр и стариц, богатых рыбой.

Среди крупных озёр — Боровское, площадью 49 га, находится в 9 км. к юго-западу от посёлка Лукино Балахнинского района. Средняя глубина — 1,6 м. Оно окружено болотом, где произрастают редкие виды растений, в том числе занесённый в Красную Книгу РФ.

Родники:

Святой источник у п. Большое Козино
Святой источник Пафнутия Балахнинского п. Большое Козино
Святой источник святителя Тихона Амафунтского у села Яснево
Родник без названия у д. Рылово