На территории Шахунского района протекает множество мелких рек и ручьёв, таких, как реки Тургуш, Большой Вахтан, Пижма, Рамень, Чернушка, Шара, Черная. К наиболее крупным рекам относятся реки Большая Какша (138 км), Вая (108 км), Малая Какша (91 км).

Также район насчитывает 65 прудов, общей площадью 200 гектар. Самые крупные из них:
- пруд на реке Большая Свеча, размером 50 гектар, средняя глубина — 2,7 метра, средняя длина — 2 километра, запасы воды — 620 000 м³;
- пруд на реке Полдневая у деревни Малая Полдневая, размером 32 гектара, средняя глубина — 4 метра, средняя длина — 1 километр, запасы воды — 425 000 м³;
- пруд на реке Шара у деревни Большие Кулики, размером 30 гектар, средняя глубина — 2,5 метра, средняя длина — 2 километра, запасы воды — 750 000 м³;
- пруд на реке Шара у починка Гусевский, размером 20 гектар, средняя глубина — 3 метра, средняя длина — 1,3 километра, запасы воды — 603 000 м³.