Гидрографическая сеть района образуют реки Белая, Уфа, Сим с притоками.

Памятником природы объявлено Калтымановское болото. Оно расположено в карстовой котловине среди залесенной ложбины вблизи села Калтыманово, имеет овальное очертание. Площадь болота около 1,5 гектара. В широких окнах в сплавине обитают водоплавающие птицы; утки, кулики. На болоте растут редкие для республики растения. Особенно много клюквы болотной. Она образует сплошные "подушки" по всему болоту и растет в тех местах, где имеются пеньки от березы, ольхи. Весной и летом по этому болоту почти невозможно пройти - оно качается под ногами, и местами ноги проваливаются. Осока дернистая, сфагновый мох, сабельник болотный, белокрыльник болотный почти сплошь покрывают болото. Среди этих растений довольно много небольшой ивы черничной, достигающей высоты до 60-70 см. Весьма интересна здесь росянка круглолистная. Она является насекомоядным растением. На болоте отмечены также вейник тростниковидный, вахта трехлистная, шлемник колпаконосный, рогоз широколистый. Клюква и росянка занесены в "Красную книгу Республики Башкортостан" (2001). В летние знойные дни в болоте скрываются от слепней лоси.

Кроме болота, подобного Калтымановскому, имеются болота и в других местах Иглинского района. Например, на "Зыбун-озере" около поселка Пушкинское торфяно-моховые сплавины перегоняются ветром от одного берега к другому. При этом меняется очертание озера. Такие же плавающие острова обнаружены и на некоторых озерах в пойме реки Тауш.