Гидрографическая сеть в основном представлена реками Белая, Уршак, Куганак, Ашкадар. Умеренно полноводными являются рр. Стерля, Тюрюшля и Сухайля, небольшой водоток имеют рр. Асава, Буриказган, Зерикла, Меселька, Услы и др. Протекающие по территории реки имеют преимущественно снеговое и подземное питание. Основной паводок бывает весной после снеготаяния и интенсивного освобождения рек ото льда, при весеннем половодье часть пойм подвергается затоплению.
На территории насчитывается более 600 пойменных и карстовых озер. Более 200 озер находится на территории сельского поселения Наумовский сельсовет, более 80 – на территории сельского поселения Красноярский сельсовет. На территориях сельских поселений Алатанинский сельсовет, Ашкадарский сельсовет и Покровский сельсовет насчитывается от 35 до 50 озер.
Подземные воды, имеющие практическое значение, приурочены к уфимским и четвертичным отложениям. Уфимский водоносный горизонт состоит из отдельных линз, приуроченных к слоям песчаников, известняков и мергелей и залегающих на разной глубине. Дебит колодцев от 0,05 до 1,5 л/сек., водообильных скважин - от 5 до 12 л/сек.; воды в них слабо минерализованы. К водоносным равнинам приурочены также элювио-делювиальный водоносный горизонт и аллювиальные воды.