Главные реки района - Чикой и Хилок - являются водосборными бассейнами озера Байкал.
Озера-старицы: Баханиха, Лысое, Харасун, Абрамовское, Шадай.

Озера тектонического происхождения: Черное, Щучье, Мангиртуйское.

Минеральные источники: Гутайский, Старые Ключи, Аршан, Станок, Ключик и др.