Река Итанца имеет в основном дождевое питание, весеннее половодье обычно невелико, но дождевые паводки достигают значительных размеров Густота речной сети составляет 0,7-0,8 км/км2. Течение р. Итанцы медленное, русло извилистое, дно покрыто песчано-илистыми осаждениями, на перекатах - галечником. Глубина залегания водоносного горизонта колеблется от 1 м. до 1,25 м., ширина 5-15 м

Река Итанца была описана Николаем Сафарием в 1675 году как мелководная: «… Впадает она в Селенгу, а вытекает из озера, и дощанниками и каюками не ходят подле нее сухим путем в острог Баргузин. По той речке по Итанце – степь великая, … а места добрые и хлеборобные». Река образует множество поворотов и петель, она вытекает из озера и впадает в реку , поэтому у местных жителей бытует поговорка: «Это речка Итанца - ни начала, ни конца». Река не используется для сплавов.