Моркинский район расположен в бассейне среднего течения реки Илеть на левобережье Волги. По территории района протекает Илеть и ее правый приток Юшут, а также небольшие речки — Ары, Вонжа, Ировка, Тюшумка, Шалинка, Шора, Яранка и другие.
На территории района находится 50 мелких озер. Три из них охраняются государством — Круглое (Ергешьер), Кужьер (Долгое), Шучьер (Черное).
В 2002 году на территории района был организован биологический заказник регионального значения «Моркинский» площадью 9500 га.
На территории района находится 33 родника и ключа.
Илеть (мар. Элнет, тат. Илләт), река, левый приток Волги. Исток и устье в Республике Марий Эл. Длина 204 км, из них в Татарстане 34 км. Площадь бассейна 6471 кв. км. Притоки: Ашит, Вонча, Петьялка, Юшут. Максимальный расход воды 1180 м³/с (1979). Минерализация в межень 1000—1400 мг/л. Зона отдыха.