В северной части района в северо-восточном направлении течёт река Буй (правый приток реки Вятки), в который впадают речки Сереньга, Ляжмаринка.

Вдоль всего Параньгинского района в юго-восточном направлении течёт река Ноля (левый приток реки Уржумка). В неё впадает множество мелких речек: Кочан энер, Йошкарэнер, Ильмовка, Койла, Токсубайка, Кошпайка, Купайка, Верхний Лаж, Ирсолька, Олорка, Ольминка, Тектенер, Тошкемнурка.

Река Илеть (левый приток реки Волга) течет в юго-западном направлении. Исток находится на севере Параньгинского района. Река пополняется за счет правых притоков: Ольминка, Омшанка, Параньгинка, Ировка с притоками Унжа и Купшерка.
В южной части района берет начало речка Унжинка (правый приток реки Шора).