Основные реки Андроповского района — Калаус, Суркуль, Большой Янкуль. Наиболее крупной из них является Калаус — четвёртая по протяжённости река в крае после Кубани, Терека и Кумы. Она начинается у южного склона горы Брык и пересекает Ставропольскую возвышенность с юга на север. Длина реки составляет 436 км, площадь бассейна — 9800 км².
На территории района находятся Большой Ставропольский, Широкий и Барсучковый каналы, а также одно из крупнейших водохранилищ региона — «Красное».
Суркуль — река в России, протекает в Ставропольском крае по территории Андроповского и Минераловодского районов. Устье реки находится в 664 км по левому берегу реки Кума. Длина реки составляет 119 км, площадь водосборного бассейна 1440 км². В летнее время сильно мелеет и даже пересыхает, образуя заводи, небольшие озерца. Впадает в реку Куму около села Канглы.
Мокрый Карамык, левый приток Кумы, большую часть года не имеет стока и представляет естественные заводи, искусственные пруды. Длина его 142 километра. Вода горько-соленая.
Подземные воды представлены родниками и минеральными источниками, в том числе месторождениями минеральной воды типа «Ессентуки №4» и «Ессентуки №17».
На востоке Андроповского района расположены Прикалаусские высоты, а на севере и в центре – Янкульская впадина. Южная точка Прикалаусских высот – гора Брык. Название горы связано с легендами. Одна из них гласит, что однажды молодая жена хана сбежала от него с простым джигитом. Хан погнался за ними, однако на крутом обрыве бричка с влюблёнными свалилась вниз. Хан, горюя о жене, превратился в камень, а слёзы его стали родником.
Есть в Андроповском районе ещё один уникальный памятник, который состоит из семи холмов – урочище Семистожки. Этот объект носит статус государственного геологического памятника Ставропольского края. Рядом с ним бьёт много родников. Самые известные из них – Святой и Султановский. С Семистожками связана своя легенда. Жил когда-то здесь князь и было у него семь сыновей и дочь-красавица. Однажды выкрали её злодеи. Братья кинулись на выручку, но погибли в неравной битве. На месте гибели братьев выросли семь холмов, а слёзы князя, который горевал о своих детях, стали источниками.
Не только родники, но и подземные источники минеральных вод обнаружены в Андроповском районе. По приблизительным оценкам их количества хватило бы на промышленный розлив и даже на создание сети водолечебниц.