По территории района протекают 34 речки, 60 родников. Самая многоводная и самая быстрая река, протекающая по территории Селтинского района и любимое место отдыха селтинцев – река Кильмезь. По оценке экологов, это самая чистая река во всем Приуралье. В поймах рек Арлеть, Кильмезь, Уть образовались озера, их площадь 28 га.
Общая площадь поверхностей вод составляет 1128 га.