Речная сеть в Нерчинско-Заводском районе достаточно развита. Ее густота примерно равна среднекраевому показателю и составляет 0,65 км/км2. Модуль стока здесь намного ниже (менее 3 л/км2) среднекраевого показателя (5,3 л/км2), что предопределяет недостаточную водность рек. Конечным водосбором всех поверхностных вод района является р. Аргунь, относящаяся к тихоокеанскому бассейну стока рек. Ее годовой сток неравномерен по сезонам года: на лето приходится чуть более 45%, на осень – около 29%, на весну – чуть более 15% и на зиму – чуть более 10%. Общий же годовой сток (в устье) равен 10,7 км3. Второй по значимости рекой района является Уров, исток которого находится в Калганском районе, объем годового стока составляет 0,345 км3.

Главной водной артерией Нерчинско-Заводского района является р. Аргунь с притоками (рр. Уров, Нижняя Борзя). Другие реки, в основном, притоки Аргуни или Уров, имеющие длину от 10 до 50 км. В реках отмечают таких рыб как: карась, щука, линь, окунь, голец, стерлядь и чоп.

Крупных озер на территории района нет, большинство небольших, по происхождению в основном относящихся к старичным, расположены в долинах рр. Аргунь и Уров. Больших запасов пресных подземных вод пока не обнаружено.

Родники Нерчинско-Заводского района:
Родник у п. Благодатск 51.245098, 119.571502
Родники с. Горный Зерентуй 51.183868, 119.525809 51.208721, 119.522357 51.213943, 119.525164 51.217414, 119.509913

Минеральные источники у с. Уровские Ключи