По территории района протекают реки Малая и Большая Кокшага, 26 малых рек, имеются 16 озер, 32 пруда с плотинами, 66 болот. Кроме того имеется большое природное подземное водохранилище водой из которого снабжаются несколько микрорайонов Йошкар-Олы.

Большая Кокшага (мар. Кугу Какшан) — река в Кировской области и Марий Эл, левый приток Волги. Длина реки — 297 км, площадь бассейна — 6330 км². Питание снеговое и дождевое. Ледостав с начала ноября по середину апреля.

Течёт по смешанным, а в верховьях хвойным, заболоченным лесам. В нижнем течении непроходимые болота. Бассейн реки заселён марийцами и русскими. Многие деревни заброшены. В пределах Кировской области расположены посёлки городского типа Кикнур и Санчурск. На терриитории Марийской республики крупных поселений в бассеине Большой Кокшаги нет, здесь расположен заповедник Большая Кокшага. Река впадает в Куйбышевское водохранилище напротив города Новочебоксарск в нескольких километрах выше устья Малой Кокша́ги.

Притоки: Большой Кундыш