Гидрография Шелопугинского района представлена реками Унда, Куренга и Туров, которые относятся к Амурскому бассейну. Наиболее крупная река Унда, приток реки Онон.

р. Туров – правый приток р. Унда, впадает в 167 км от устья. Длина реки составляет 86 км.
р. Унда – правый приток р. Онон, впадает в 57 км от устья. Длина реки составляет 273 км. 
р. Куренга впадает в р. Шилка в 402 км от устья. Длина реки составляет 113 км. 

В реках водится хариус, ленок, гольян, пескарь, налим, карась и др.

Туров – правый приток р. Унда, впадает в 167 км от устья, длина реки 86 км. Куренга берёт начало в юго-восточных отрогах Борщовочного хребта и впадает в реку Шилка в 402 км от устья, длина реки 113 км. Имеет 65 притоков, наиболее крупный – р. Дая. В бассейне реки находятся 8 озер.

На берегах Куренги расположены такие села, как Деревцово, Копунь, Мироново и др.

Малых рек насчитывается до полутора десятков, относятся к типу равнинных и мелководных, имеющих глубину в меженный период порядка от 0,5 до 1 метра.

Малые реки страдают от загрязнения и вырубки лесов. Исследования показывают, что за последние годы происходит заметное ухудшение состояния водных ресурсов. Так, река Иволга, протекающая через Шелопугино, с каждым годом гибнет, состав воды в ней постоянно ухудшается, отмечается высокое содержание органических веществ.

В июле – августе бывают сильные паводки, когда уровень воды в реках повышается на 2 метра и более и вода затопляет поймы рек. Скорость течения увеличивается до 2 м/сек. В некоторые годы паводки приобретают бурный характер и затопляют населенные пункты, расположенные на низких берегах. Именно так произошло и в этом году — вышедшая из берегов из-за сильных дождей река Иволга подтопила 14 придомовых участков и надворные постройки в селе Шелопугино.

На территории района находится множество озер, искусственных водоемов.

На территории Шелопугинского района имеются 14 участков месторождений минеральных источников, обладающих природными лечебными факторами.

Один из минеральных источников выходит на поверхность в небольшой пади р. Буссулей, что в 70 км северо-западнее села Шелопугино. Первое упоминание об этом источнике встречается в 80-е годы 19 века. В конце 19 века судовладелец и иркутский купец С.А. Штерн открыл здесь курорт. По составу и действию минеральной воды курорт Шивия был отнесен к 1 классу, вода применялась для лечения желудочно-кишечных заболеваний, катаров желудка и кишок, сердечно-сосудистых заболеваний, малокровия и мочекислодиатеза.

Второй минеральный источник изливается в пади Поперечная. Анализ воды показывает, что при благоприятных санитарно-бактериологических показателях, она может быть использована как лечебно-столовая для внутреннего применения при следующих заболеваниях: хронические гастриты, неосложненная язвенная болезнь желудка и двенадцатиперстной кишки, заболевания печени и желчевыводящих путей, панкреатита, болезни обмена веществ, сахарного диабета и т.п.

Минеральный источник Кислый 51.884611, 118.168694

Автор фото Евгений Литвинцев, озеро с. Вершино-Шахтаминский