Главной рекой является Кубань с широкой поймой. Вторая река района её приток - река Уруп.

Природные термальные источники находятся в южной части района.

Родники, источники Новокубанского района:
Святой источник иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» ст. Бесскорбная
Святой источник преподобного Серафима Саровского ст. Советская
Родник выбивает из склона надпойменной террасы реки Уруп по ул. Кочубея ст. Советская
Родник выбивает из склона надпойменной террасы реки Уруп по ул. Ульянова ст. Советская
Родник с. Радищево