Географически Красногорский район входит в состав предалтайской равнины. Степные междуречья составляют основу ландшафтов района, на востоке и юго-западе плавно убегают к горизонту застывшие волны невысоких предгорий высотой 500–1000 м (максимальная высота 1010 м — гора Симеря). В узких долинах–«лоточках» бегут небольшие речки и ручьи; то здесь, то там блеснет зеркальная озерная гладь. Отметим, что район стиснут с востока на запад рекой Бией, с юга на север – рекой Катунью, сильно разветвленной на многочисленные протоки.
Самой крупной достопримечательностью района – и по размерам, и по сути – является река Бия. Вторая по величине из рек Горного Алтая, она вытекает из Телецкого озера и имеет длину 306 км. В среднем и нижнем течении Бия спокойна и величественна, в русле много островов, ее гостеприимные берега поросли светлым сосновым лесом, а в теплой чистой воде летом приятно купаться. Согласно традиционной версии, название реки на самом деле мужского рода – Бий. Легенды, сложенные о Бии и Катуни, представляют эти реки как господина и госпожу.
Также протекают реки Иша, Чапша, Кажа, Бардушка. Река Иша (правый приток Катуни) – одна из самых теплых рек Алтая, и ее протяженность по району составляет около 170 км. В реках водится хариус, таймень, щука, окунь, плотва, в озерах – карась, буфало, карп.
Родники Красногорского района:Родник «Благодатный» урочище Елей
Родник «Большой» 52.332977, 86.397561
Родник г. Чулеш у с. Калташ 52.392835, 86.435205
Родник у с. Луговое 52.343553, 86.160553
Родник урочище Большая Речка. 2 родника на расстоянии 10 м. Есть данные о радоне в составе вод 52.323173, 86.433634
Родник «Стародубковский» не замерзает, выбивает из под скалы, зимой ванна 2х2 метра каменная, вода холодная. Дорога от с. Калташ к Стародубковке (прижим к реке Калташ) 52.343056, 86.518575
Святой источник с. Усть-Иша, давным-давно на горе стояла часовня воздвигнутая недалеко от почитаемого родника, который до сих пор бьет из-под земли.