Водные ресурсы Тбилисского района представлены поверхностными и подземными водами. Общая площадь земли водного фонда составляют – 4339 га, в том числе под водой - 2323 га.
Потребность района в пресных поверхностных водах обеспечивает река Кубань, площадь которой на территории Тбилисского района составляет - 406 га. Остальные 1917 га, представлены русловыми водоемами: р. Сухая Тарапанка; р. Бейсуг; р. Сухой Лог; р. 2-ой Зеленчук; р. Средний Зеленчук; р. Цыганка; балка Камышеваха; балка без названия; балка Глубокая; балка Попасная; старица Синюга.
Родники, источники Тбилисского района:Родник «Светлячок» у ст. Тбилисской